可是有些土司依旧并不满足对辖区内的剥削，而且还恃强掠夺辖区外的土地、人畜，因而土司之间战争也相当频繁。
有的甚至经年不懈，世代为仇。
如广西西隆州古隆地方土司王尚义等与贵州普安州捧酢地方的土司阿九等常年争夺乌舍、歪染、坝犁、鲁磉等寨，雍正二年(1724年)告到官府，因事涉两省相互推诿，直到雍正四年仍未审理，两方一直争斗不休。
土司与各级地方政府之间也是矛盾重重。
土司承袭需要州县官转呈，有的地方官就借机敲榨，多方刁难，或无端欺压，酿成仇杀。
有的土司向州县官送礼，若被上司知道，州县官则反诬土司行贿钻营，若不送礼，“则加以傲抗之名，摭拾小事，申报上司”，使土司左右为难。
土司和地方官之间的矛盾，有时又进而引起相互挑动汉民与土民之间的矛盾，同时又加剧了汉民与土官，和土民与地方流官之间的矛盾，成为制造民族纷争或事件的肇端。
其次，是贵州广大的“苗疆”，尚未直接纳入流官的统治，因地方官吏的压迫，或统治阶级制造的“苗患”，也成为雍正时期在贵州进行改土归流，开拓“新疆”的缘由。
如蓝鼎元《论边省苗蛮事宜书》称:“楚蜀两粤滇黔之间，土民杂处，曰苗曰徭曰僮曰仡佬，皆苗蛮之种类也。其深藏山谷不籍有司者为“生苗”，附近郡邑输纳丁粮者为“熟苗”。
熟苗与良民无异，但亦畏汉民，而尤惧官长。
但土民之顽顺，惟视土司，土司多冥顽不法，坐纵其行凶杀夺，而因以为利，即使事迹败露，大吏督责，无参罚处分之加乎其身，是以无所忌惮，而敢于无所不为也。”
因此，蓝鼎元向清廷建议实行“削土”之法“可令土司畏惧。”其具体则例是:“照所犯轻重，削夺村落里数，以当罚俸降级。所犯重大至革职者，相其远近强弱，可以改土为流。即将土地、人民归州县官管辖，勿许承袭。并土民有不甘受土司毒虐，愿呈改土籍为汉民者，亦顺民情，改归州县。其深山穷谷，流官威法所不及之处，则将所削之土，分立本人子弟为众土司，使其地小势分，事权不一，而不能为害。将来教化日深，皆可渐为汉民。至山中生苗，责成附近土司，招来响化，一体恩抚。如此数年之间，生苗可化为熟苗，熟苗可化为良善，而悉为衣冠礼义，户口贡赋之区。”
蓝鼎元的“削土”之法，实际是实行改土归流的举措，他提出“化生苗为熟苗，化熟苗为良善”、并将“苗蛮”地区悉归流官管辖，“悉为衣冠礼义，户口贡赋之区”的主张，正是总结了早在康熙年间，黎平府所属的平鳌、文斗、苗光、苗馁等寨“生苗”内附，皆纳粮附籍的实践经验而建议的。
雍正四年(1726年)，鄂尔泰上奏朝廷的《改土归流疏》，公开主张实行大规模的改土归流。
并且开宗明义的指出改土归流的目的，就是“剪除夷官，清查田土，以增租赋，以靖地方”。
所谓“剪除夷官”就是要革除不法土司，而废革土司的目的又在于“治夷”。
因为“窃以苗倮逞凶，皆由土司，土司肆虐，并无官法”。“此边疆大害，必当剪除者也”。
“统计滇黔，必以此为第一要务”。
所谓“清查田土，以增租赋”，就是要把土官管辖下的人民土地，改归州县流官直接管辖，清查田亩，报亩升科，把土司占有的土地收归国有，把被土司侵吞的赋税纳入国库，这才是改土归流的根本目的。