如今的九边各镇，军事编制上都叫作镇，其最高军事职务叫作总兵官。其实在明初的时候，总兵官是一个非常尊贵的称呼，而且也不是一个常设的职务。平时，军队都归前后左右中五军都督府管理，战时，由兵部派出将领担任总兵官指挥作战。
这个制度挺合理，但是时间一长就乱了套，到了明朝后期，卫所制度废弛，于是营兵制开始盛行，总兵官也就成了兼管卫所军队和营兵的常设职务。到了明末，更是总兵遍地走，参将多如狗了。
在崇祯皇帝的设想之中，编练新军要分阶段循序渐进。第一阶段，先由杨应乾等人，在京西涿州、房山、良乡等地屯垦之民中，招募两万青壮，进驻涿州新军预备大营，先苦练其体能队列，并教之以军法纪律，如此三月之后，从中精选一万五千人，移驻通州大营，集中朝廷现有的军械枪炮马匹粮饷等物资，优先编练一个镇，番号为新军第一镇，设总兵官一员、监军御史一员，副总兵一员、参谋长一员。
总兵官管练兵作战指挥，监军御史管军纪饷禄叙功，副总兵管军备后勤辎重，参谋长管军情军令军务，同时全镇上下皆受总兵官节制调遣。
一个镇下设前后左右中五个标，每个标下有三千人，由副将一员统领，参谋、训导、参将佐之，副将管全标人马作战指挥，参谋管军令军情谍报，训导管军纪饷禄叙功，参将管军务后勤辎重。
标下设三营，每营一千人，营官为游击、副营官为守备，同时设参谋训导管军务和军纪，营下一千人，分为前后左右中五个哨，每个哨下二百人，哨官为千总、副千总。
哨下设三个队，每队六十人，设一把总、副把总领之，分为三个排；每排二十人，设排长、副排长领之；剩下二十人编为哨官直属排，负责通信传令督战等事务；排下再设伍，伍长领之。
与此同时，涿州新军预备大营再行招募青壮，与剩余人员混编，继续训练，三个月后另行挑选一万五千人，编练新军第二镇，如此源源不断，到崇祯二年秋的时候，就可以陆陆续续编练出新军四五个镇，七八万人。
再加上授权李邦华在遵化白冶炼编练的矿营五千人，卢象升在大名、广平、顺德三府编练的天雄营五千人，以及漕运总督袁可立在淮安等地编练的督标、漕营八千人。
等到崇祯二年黄台吉带兵入侵京畿的时候，除了原有边地驻军，崇祯皇帝的手中，至少又有了新增的十万新军，到时候情况肯定要比历史上好很多。
而且这样一个镇一个镇地编练，每年在原来九边十二镇基础上新增的军费，也不会增加太多，不至于严重超出国库和内库的收入，影响其他方面的进展。