在女娲创造人类生物出现的一百一十万年后，魔王傲天恢复功力，得知盘古神斧已裂，欲夺取三界。
魔界经过这无尽岁月的修养，现在已经非常的强大，足以与神界抗衡。大战再次爆发，魔王率领百万魔群与神、人、鬼三界宣战，三界在女娲伏羲的带领下，率领众仙人迎战，这场战斗比之之前更加的惨烈，人界、鬼界率先被毁，魔界随后攻入神界，众仙不敌，神界死伤惨重，人界更是一片哀嚎，寸草不生，鬼界冤魂哭泣无处藏身，世间到处是孤魂野鬼。
女娲、伏羲见三界都如此惨烈，只有动用盘古之眼来寻找盘古神斧化作的九件神兵，希望能再次战败魔王，时间紧迫，女娲、伏羲只寻得其中两件神兵，天邪剑和仙魔琴。伏羲掌剑，女娲持琴，对战魔王，双方战斗十天十夜，这场战斗异常恐怖，天地都为之变色，鬼界一片黑暗，神界一片死寂，人界寸草不生，就连天空也因大战的威力太大而破开大洞。
最终伏羲为救女娲战死，魔王战败，女娲毁魔王魔根，将魔王的魔灵封印与幽冥之底，魔剑趁机逃离，魔群退回魔界阴山。只是天空因为大战而破开大洞，天外陨石接连飞落砸向地面，人间犹如炼狱一般，苦不堪言，女娲寻遍大地，找到自天地初开孕育而成的七彩神石，炼造天网，暂时将天空大洞修补。
伏羲战死，天邪剑失落人间，不知所踪，女娲因感怀伏羲之死，为伏羲建陵，伏羲之陵具有灵性，每隔百年便会移动，伏羲陵墓所到之处必定祥瑞之气常绕，妖魔不侵，仙魔琴琴弦已断，被女娲留在神界，由神界仙女看守。女娲悲悯人界，自毁仙根修复大地的创伤，其仙灵飘迹宇宙，寻找混沌之灵来修复破损天空。
神界亦从此秩序紊乱，天道法则不全，女娲走后，神界无神，亦改名为天界，天界仙人不可随意下界，否则神力会慢慢溃散，导致仙陨，且众仙法力得不到提升，天界人才凋零，往日玲琅满目，仙满为患的场景再也不见，那次大战损失了天界九成的仙人，连女娲也被逼飘迹宇宙。
三界重回宁静，万物一片祥和，秩序维持，大战之中人界毁坏非常严重，不少修仙门派损毁，人才尽失，有些门派已经历经数十万年，派内成仙之人无数，最后还是毁于这次惊世大战。
这次大战导致天道法则不全，凡人无法借助天道修炼成仙，从而这仙纪元从此终结，但人界从未放弃，一直钻研修仙之路。
魔王傲天的魔灵被封印在幽冥之底忍受煎熬，无时无刻不想冲破封印，夺取三界，抢夺盘古之眼，成为天地间唯一的主宰，只是他魔根被毁，永远无法冲出封印。
魔剑在上古仙纪元一战中剑灵受到重创，从此遁迹消失，天地再次安宁。
一千年后。
天界之中一片祥和，原本悠闲自在的天界倒也非常无趣，一个仙女正在悠闲的荡着秋千，台案上有一把古琴被霞光包围，却没有琴弦，那正是仙魔琴。仙女一身紫衣，肤如凝脂，领如蝤蛴，齿如瓠犀，螓首蛾眉，秀外慧中，让人看一眼就顿生怜爱之心，此仙女正是女娲补天留下看守仙魔琴的仙女，名为云曦，天界多少仙家为之倾狂，年轻俊美温文儒雅的，法力高强粗犷豪迈的，胡须发白走路杵拐杖的，甚至是幼仙，只要见她一笑无一不为之倾倒，想与其结成神仙眷侣，也许是天界太过沉闷，或许是重任在身，云曦从不为此所动，闲暇之余以弹琴为乐，所奏之曲是为天籁之音，各种仙鸟灵蝶都为其翩翩起舞，琴音散播天界，听者神清气爽。
上古一战，魔界从世间消失，从此再不敢现，而妖界在上古仙纪元的大战中元气大伤，妖皇也就此失踪，妖界之中有一古蛟，名为蛏蜮，其法力高深，是妖皇的护法，因妖皇失踪而被推举为新妖皇掌控妖界，只是不论天界仙人，人界修仙之士，都对众妖大肆围捕，或捕或杀，使得众妖无处藏身。
妖皇机缘之下得到上古遗迹的石刻，钻详多年，终有所获，依稀得知伏羲陵，而伏羲陵所在之地皆是神秘莫测，其地灵气充沛，是女娲大神建造，其踪迹更是难寻。
妖皇不甘，研究数千年，探寻天地各处遗迹，最终在上古一处遗迹中探出人界有一家族，世代守护伏羲陵地图。