在第41个千年里，那些被孤立于一个星球上，生活在极端环境下的原处人类必须通过进化或变异来适应环境·，而他们的后代便演化成亚人类。这个术语来源于“走上歧途的人类”，“不正常的人类”，或者，不带偏见的说，来自于拉丁术语abanis，”来自人类“。在帝国里，基因突变和精神腐蚀往往被视为相互联系的，对待亚人类的态度在帝国征服里往往有很大的争议。在第30个千年，人皇统治的开明时代，即便是显著异化的亚人类，比如野兽人，也能在帝国部队里服役。在荷鲁斯反叛，皇帝坐上了黄金王座进入了停滞状态之后，只有变异程度较低的亚人类才能享有帝国公民权，比如欧格林猿人和莱特林鼠人。但是，在帝国的任何一个角落，他们依然不被清教派的审判官及帝国信条的忠实信徒所信任。在第41个恰年的末期，泰拉征服认同过得73种不同的亚人族群里有56个族群都宣布灭绝，还有十二各族群因为缺乏和帝国代表的沟通而处于灭绝的边缘。如下详述的是一些帝国境内最有特色的亚人类直系
领航者
领航者是一中被帝国政府特许存在的变种人，他们基因普里特有的领航者基因起源于技术的黑暗年代。所有的领航者都的额头上都长有第三只眼，通常被称作亚空间眼，可以保证他们注释亚空间时不会失去理智。利用星炬发出的”灵能光芒“作为稳定的参考坐标点，领航者利用他们第三只眼的力量引导人类非常穿越混沌的洪流。他们感知混沌浪潮的能力被认为是一种灵能，但灵能者从来不能掌握任何一种超出星际导航之外的任何其他灵能。由于导航者基因是时代遗传，而不是随意产生的，皇帝本人在第30个千年的统一战争时期起早了一份要求包容导航者的招数，因为领航者以及其背后强大的领航贵族门阀是帝国商业和防务得以存续关键。领航者全都住在皇帝特许的泰拉世界城里。领航者门阀的内政以其极端勾心斗角和尔虞我诈而闻名。
阿福瑞尔支系
阿福瑞尔支系士兵是机械神教发起的一场基因改造战士实验的产品，对他们我们知道的很少。只知道机械神教想提取过去人类历史上英雄们的基因特性，并重塑这些让他们得以伟大的基因。这个实验本来计划着创造完美的士兵，结果却是彻底的失败。阿福瑞尔战士，由于不明的原因，成为了人类品种中运气最糟的一个群体，以至于有些机械神教徒相信他们的基因构成可能与亚空间产生了互动，改变了几率的法则。阿福瑞尔人都有白化病，他们有雪花般的皮肤，惨白的头发和无色的眼睛。
野兽人
野兽人（variatus在拉丁语里是改变的阳性动词变位）是由蹄子有角，多毛，长得像山羊或岩羊的亚人类。他们过去曾在帝国部队中服役，在那里他们充分利用自身嗜血的特性为皇帝而战，以补偿自己生为变异人的原罪。他们由一位叫守群头领的野兽人领导。现在，”纯血“的野兽人已经在人类的队伍中看不到了，因为显著的突变者只为混沌服务。毫无疑问，清教派审判官说服内政部野兽人不可能在没有混沌力量的污染下产生如此剧烈的变异。相对于”纯血“而言，作为炮灰和可消耗的突击部队，一些肢体变异程度不高的野兽人直系依然允许在帝国军队内服役。
欧格林猿人
这些愚笨的人类支系被称为欧格林猿人（gigantus是拉丁语巨大的形容词阳性变位，法国小说巨人传的发育就是gargantuaandpantagruel）他们是在高重力，低气温的监狱星球上进化而来的，他们比其他亚人类更庞大，更愚蠢，但只要向他们传授帝国国教他们便，毋庸置疑的终于帝国。猿人在帝国卫队里充当突击部队，为了担任这个角色，猿人经常配备撕裂抢。撕裂抢一样非常简单易用的武器，但是帝国治外的猿人可能连这么简单地东西都不会用。猿人经常会作为帝国军官的保镖。猿人有幽闭症，所以很难运输。他们由具有代表性的”骨头脑袋“军官领导，这些猿人接受过一项叫做欧格林猿人生化神经强化手术（一般被称为bone治疗），可以把他们的智商拔高到接近正常人的水平。有的时候，如果时间紧迫，有的帝国指挥官没有耐心教育新鲜出炉刚刚入伍的猿人士兵，就随便给他们一个大棒子，告诉他们用这个砸向敌人就行了。
莱特林鼠人
莱特林鼠人是矮小，喧闹，容易饥饿且极其好色的亚人类，他们一般在卫队里最为狙击手，这一点上他们很有天赋。莱特林也在帝国卫队中担任厨师，因为他们生活中为了填饱自己无底洞般的肚子必然会学会这一技巧。他们同时还有偷窃癖倾向，因为每当鼠人被编入一个派，连或军团里时，政委那里关于偷窃和非法赌博的报告就会显著增加。其中一个被命名为过得鼠人世界是orworld，在哥特战争时期阿巴顿曾攻击过那里。和猿人一样，鼠人是经过变异的人类分支，目的是为了适应地底隧道里的生活，因为地表环境恶劣。由于他们的体型，他们经常为主流人类士兵所嘲笑，但是有不止一名士兵被鼠人高超的射击技巧所拯救。
太空矮人
太空矮人（rotundus拉丁语形容词原型）来自距离银河中心很近的高重力的矿业星球，导致他们矮小，肌肉发达且坚韧。他们的世界在叛教时代从帝国的版图里分裂了出去，但之后他们作为自治但