10点18分，德国海军驱逐舰“”驶过并抛下4个橡皮筏，包括尼尼在内的76名英国海军官兵生还，他们于6个小时后被经过的英国巡洋舰救起。
10点30分，在斯卡帕弗洛上空盘旋的两架“鸵鸟i”轰炸机发回报告，由于航道大半堵塞，英国战舰出港速度缓慢，目前已经有10艘无畏舰、3艘装甲巡洋舰、4艘轻巡洋舰、7艘驱逐舰已经通过主航道开出斯卡帕弗洛港，尚能出航的另外10艘无畏级战列舰、3艘装甲巡洋舰、5艘轻巡洋舰和37艘驱逐舰正在依次通过主航道，预计需要3个小时方能全部出港。
实际上，参与第二波空袭的那两架“鸵鸟i”并没有装载炸弹，炸弹舱被改装成额外的油箱，目的就是在空袭结束后继续滞留在斯卡帕弗洛港上空观察英国战舰的动向，两架“鸵鸟i”上都装有发报机，以确保能够将最重要的信息反馈回海德里希舰队。
10点45分，参加第三波空袭的所有飞行员接到通知，即使以机撞舰，也必须将斯卡帕弗洛港的航道堵塞，以断英国舰队后路。
11点整，在海德里希和众人的注视下，第三波66架飞机开始从“丽莎”号和“超级鸭妈妈”号上起飞。两架参加第一波空袭的“鸵鸟i”发生故障，未参加此次空袭。
11点30分，第三波66架飞机全部起飞并编队飞往斯卡帕弗洛港，包括20架“海鹰ii”战斗轰炸机、22架“鸵鸟i”轰炸机和24架“剑鱼”鱼雷机。
12点47分，第三波空袭飞机抵达斯卡帕弗洛港上空。此时英国大舰队的18艘无畏级战列舰、4艘装甲巡洋舰、4艘轻巡洋舰、10艘驱逐舰已经驶出港湾，其余战舰正在缓缓驶出航道。英国大舰队司令官杰利德站在他的新旗舰“乔治五世”号战列舰上，指挥着港外的舰队开始集结，收到“曙光女神”号轻巡洋舰发回的报告之后，尽管他不知道德国的轮船为什么可以起降如此之多的飞机，但他憋足气想要争回大英帝国海军失去的荣誉。
12点49分，马多尼少校再次高高地举起右臂在空中划了两圈：按计划进攻！
不论是战斗轰炸机、轰炸机还是鱼雷机，所有参与空袭飞机的首要目标都是正在航道中行驶的英国战舰，最前面的20架“海鹰ii”战斗轰炸机排成一列沿着主航道飞行，此时倒霉的老式装甲巡洋舰“勇士”号居然正好从第一次空袭中沉没的装甲巡洋舰“防御”号旁边通过，飞过“勇士”号头顶的“海鹰ii”一架架投下炸弹，1分钟之内20枚炸弹全部是朝它投掷的，结果在直接命中7发100kg航空炸弹之后，“勇士”号上层建筑已经塌陷，所有主炮都已扭曲成为无用的废铁，整艘军舰在燃烧中缓缓下沉，这条宽约30米的主航道几乎已被完全堵塞，只有小型拖船才能勉强通过。
在另外一条宽约20米的副航道上，几艘驱逐舰正缓缓驶过，那条航道一大半已经被第二波进攻中沉没的“无敌”号战列巡洋舰和“南安普顿”号轻巡洋舰堵塞，现在只能勉强通过轻巡洋舰和驱逐舰。此时英国排水量6500吨的轻巡洋舰“雷丁”号和排水量3500吨的驱逐舰“汤顿”号正在缓缓通过那条航道。不过经过前面两次空袭，英国人已经发现驱逐舰和部分轻巡洋舰上的机枪能够对低空飞行和投弹的飞机构成威胁，因此经过充分动员的驱逐舰和轻巡洋舰俨然成为英国海军唯一的防空武器。
12点53分，011号、012号“剑鱼”鱼雷机超低空向副航道投掷了两枚鱼雷，正当它们开始爬升和转弯时，“汤顿”号驱逐舰舰桥上的机枪pēn_shè出的一长串白色的光点击中了011号的发动机，德国海军飞行员佩特雷特惊恐地发现他的“剑鱼”的发动机发出几声低沉的“咳嗽”声，随即从发动机里冒出一股黑烟，螺旋桨也很快停转了。
“见鬼！”佩特雷特用力地拍着飞机的发动机盖，但是炽热的舱盖烫得他大叫一声将手缩了回去。
“拉姆！我的飞机不行了！过来掩护我，我要找块地方降落！”他一边喊着一边努力地操作他的011号开始滑翔，航道另外一边有个数百米长的码头，上面空无一人。
“拉姆，我要过去了！一会儿下来接我！”佩特雷特看到012号的驾驶员拉姆朝他用力地挥了挥手，这才聚精会神地让他的011号朝码头降了下去。
很快，011号鱼雷机开始在并不平整的码头上跳跃，由于失去了动力，011号非常不稳，突然侧过机身左翼着地擦着地面滑行起来，木屑从机翼和机身上飞溅出去，佩特雷特闭着眼睛紧紧地缩进机舱里面。
终于，飞机停了下来，佩特雷特睁开眼睛向外观察了一下，不看不知道，一看吓一跳十几个英国士兵正在距离码头20多米处的两栋房子之间大约2米宽的缝隙里猫着。双方呆呆地对视了几秒之后，英国人一边开枪一边冲了出来。幸好011号飞机的机头朝向英国人，发动机替佩特雷特挡住了英国人射来的子弹，他迅速拔出身上的鲁格手枪连续向英国人射击，两名英国士兵当场倒地，其他英国人出于自然反应立即趴了下来，他们伏在地上继续朝佩特雷特射击，子弹压得他不敢从机舱里面抬起头来，而机首的那挺机枪是被固定方向的，佩特雷特无法用它还击。几名英国士兵开始躬着要朝011号飞机摸了过去，就在这危急时刻，012号鱼雷机终于飞临这个码头上空，它在从离地3米的高度