混沌初开，生灵万物俱无，天地连成一片，只在其间孕育着一株混沌青莲，那青莲有叶五片，开花二十四瓣，结成一颗莲子。莲子历经万年幻化为“扶桑神树”，混沌青莲的五片叶子后化为神秘的“五海”。正是沧海、欲海、苦海、无情海、泪海。而曼陀罗花正是开在五海的神秘花儿，曼陀罗花世传有五种，若是凑齐这五种曼陀罗花足以毁天灭地，乾坤逆转，时间倒流。
待得亿万年期满，莲子裂开，盘古大神手执开天斧出世。开天斧后被盘古丢弃，盘古孤身生于蛮荒时代，盘古始祖开天辟地之时，一斧裂天地，清气升为天，浊气坠而成地，天地初开，宇宙初立。天地之间最初的混沌（太一）之气其后有了阴阳之分，五行成灵。宇宙便有了金木水火土五种自然元素。在神秘力量的驱使演化下先天八卦“河图”与后天八卦“洛书”伴随着天地而生，即是后世传说中的第九部“天书”。
阳气与阴气飘忽不定，有的上升，有的下淀，上升的气流后凝为清气，下沉的气流凝淀成为浊气，是以又有了清浊之变。而上升的清气分为两支，西华至妙之气化为昆仑，东华至玄之气化为蓬莱。浊气也分为两支，北极至善之气化为灵山，南极至恶之气化为九幽。原始的大荒世界于是形成。
这个时期称为“洪荒时代”。最初的世界便由这清浊二气产生的诸神所领导，再过了千百年，各种生灵才在大荒的土地上开始繁衍生息。
宇宙间各条河流，甚至连天上银河中的水，最后都汇集到这原始而神秘的无底之洞“归墟”。但归墟里的神奇之水，并不因此而有一丝一毫的增减，因为它是汇通上层宇宙（天庭）和中层宇宙（大地）和下层宇宙（九幽）的心脏。注入归墟的神秘五海之水不进不出，只有一条不知名的溪流悄然潜出，流向北极冰原。
后盘古大神有感于天地间万物皆无，便身化洪荒：左眼为日，右眼为月，头发成繁星点点；气为风云，声为雷霆，汗成雨露；盘古大神倒下时，头与四肢化成了五岳，而脊梁却成了天地间的支点不周山脉……肚济却化成了一片血海，那血海方圆几万里，里面血浪滚滚，鱼虾不兴、鸟虫不至，天地戾气全都聚在了此处，洪荒众人将此处唤做幽冥血海。天地戾气尽居于此处，常年不散。阴风阵阵，大势可怖。
盘古涅槃，气感阴阳，五行承灵，最早诞生的是帝俊与女娲，帝俊生于盘古左眼之中，女娲与常羲生于盘古右眼之中，独羲和得盘古主魂而生。帝俊与女娲都是阴阳同体，帝俊较之女娲更为强横，乃是洪荒第一位大神，也被称之为太阳神，帝俊有两个妻子，一个名叫羲和，住在东方海外的甘渊，生了十个太阳；另一个名叫常羲，住在西方的荒野，生了十二个月亮。因此这才有了“十天干十二地支”。
常羲即是“月母”，而羲和来历不明，传言来自于神秘的归墟之所，极是聪慧兰心慧质，一生钟爱天帝，后不知所终留下《神魔志异》四卷，即“神器篇”、“炼器篇”、“洪荒篇”、“阵道篇”，更相传凑齐这四卷即可得到第五篇，这第五篇与“天书”有着千丝万缕的联系，极有可能是“天书第十卷”。帝俊虽有两位神力广博的妻子，奈何其天性无意于世争之，仍无法与女娲抗衡。
有了“十天干”与“十二地支”之后，宇宙星辰运行便有了规律，摆脱了混沌状态。十二个月亮在夜间轮流出现，形成月相变化，阴晴圆缺。十个太阳在白天轮流出现，普照大地，万物得以生长。其后千年这才正式步入“洪荒时期”。
女娲的法宝名为五彩石，即是后世相传的“女娲石”。女娲石的本源就是补天的五色石，女娲将自己万年修为贯注于一颗昔日补天所余的五彩玉石上，自此该灵石就具有特别之力。也就是说，女娲石的力量，之所以可以复活再生，修补结界，也是因为女娲力量的加持。彩虹的七色神光正是女娲石补天余留的法力的幻象。
后女娲石被天行极雷击中，遂一分为五。落于九幽冥界后化为“三生石”，驻于忘川之畔望乡台旁，前生的夙愿，今生的情缘，来世的牵绊；都刻在三生石上，流转的岁月，一一见证！另一块碎石落在魔界化作“咒怨石”，据说是受到“恶魔之花”黑色曼陀罗的引诱，具有诅咒的力量。以鲜血浇灌此石，以灵魂献祭便可引发“咒怨石”的灵力，可以引诱修罗之魂附身。