孙策击败刘繇后，袁术将周尚，吴景、孙贲都调回寿春留在身边帮助自己，而后袁术决心称帝，孙策尽管苦劝但袁术不听，两人遂决裂。
【人员调动】
孙策击败刘繇之后，势力发展迅速，麾下部队已经扩充到了几万人。于是他对周瑜说：“我已经有了平定山越的兵力财力粮食。你还是回去镇守丹阳吧。”周瑜遂率部回到丹阳，去帮助自己的从父周尚。
袁术在寿春得知孙策击走刘繇后，遂上表奏请孙策为代理殄寇将军。把吴景、孙贲、周尚等人召回寿春留为已用。派其堂弟袁胤取代周尚任丹阳太守，周瑜随周尚到了寿春。袁术发现周瑜有才，便欲收罗周瑜为已将。周瑜看出袁术最终不会有什么成就，所以只请求做居巢县长，欲等待机会投奔孙策，袁术同意了周瑜的请求。
袁术的这一举动被不少人认为是他在故意消弱孙策，客观上来说抽走吴景、孙贲之后，孙策的力量的确受到了消弱，但综合各方面来看，袁术还真不是在针对孙策。
首先袁术是在孙策已经打败刘繇之后才发出的调令，而且吴景、孙贲本身一开始就是被袁术派去对付刘繇的，现在已经打败刘繇了袁术把他们调走是很正常的；
其次，袁术真的要针对孙策的话也不需要这些弯弯道道，他直接把孙策调回来就可以了，毕竟当时孙策还远没有**，根本不要给孙策加官进职让他还待在吴郡，其实袁术这样做就已经表示自己默许了孙策在南方的进一步行动；
最后，当时孙策也不太需要吴景、孙贲等人的帮助了，刘繇被打败后，扬州已经没有第二个朝廷任命的州牧，孙策让周瑜北上就已经很说明问题了，当时孙策自保绰绰有余的。
而袁术这个时候进行人员调动实际上和当时徐州的环境也有关系，陶谦死后，刘备继而成为徐州牧，袁术一直想趁机夺取徐州，但因为和刘繇僵持，以前没抽出手来，现在刘繇失败了，袁术就决心讨伐刘备，所以他才将吴景、孙贲、周尚等人召回。
而另一方面，袁术已经开始准备称帝自立，所以顺便他派亲戚袁胤担任丹阳太守也在情理之中。
【决裂】
建安二年（197），河内人张朇为袁术卜卦，认为他有帝王之命，而当时袁术早已经准备自立，于是他遂以玉玺正式僭越称帝，任命九江太守为淮南尹，广置公卿朝臣，建号仲氏。
孙策对于此事是极力反对的，他以董卓为例劝谏袁术，但袁术认为自己拥有淮南的大军，而孙策当时只不过刚刚占据吴郡，所以没有把孙策的劝谏放在眼里，反而认为孙策最终会屈服于自己。
但孙策可是孙坚的儿子，看到袁术真的自立后，孙策立刻和袁术断绝关系，并且还发书信劝说吴景、孙贲、孙香等亲戚与袁术决裂，返回江东。当时吴景在袁术麾下担任广陵太守，吴景当即放弃广陵东归孙策。孙贲更是被已经准备称帝的袁术任命为九江太守，也就是后来的淮南尹，然而孙贲却抛弃妻儿，拒不就任，返回江东，孙香是孙策的族兄，在袁术麾下担任汝南太守，只有他因为道路过于遥远没能回到江东。
除了吴景、孙贲等亲戚外，周瑜也居巢过来投靠孙策。
袁术本来想将周瑜留在自己身边，但周瑜看出袁术无法成大事，请求外放，袁术遂让其做居巢长。建安三年（198），周瑜就经居巢回到吴郡。孙策闻周瑜归来，亲自出迎，授周瑜建威中郎将，调拨给他士兵两千人，战骑五十匹。周瑜时年二十四岁，吴郡人皆称之为周郎。
据《江表传》记载，当时孙策除了给予周瑜士卒、战马之外，还赐给周瑜鼓吹乐队，替周瑜修建住所，赏赐之厚，无人能与之相比。孙策还在发布的命令中说：“公瑾雄姿英发，才能绝伦，和我有总角之好，骨肉之情。在丹阳时，他率领兵众，调发船粮相助于我，使我能成就大事，lùn_gōng酬德，今天的赏赐还远不能回报他在关键时刻给我的支持呢！”
在周瑜南下之时，其实鲁肃也在，并且和孙策见了面，孙策对其也是多加赏识，但后来因为鲁肃的祖母去世，鲁肃于是回东城去办理丧事，就这样最终和孙策错之交臂。
【平定丹阳】
丹阳郡是袁术在扬州的地盘之一，他派吴景打败原丹阳太守周昕后，先是任命吴景取代周昕管理丹阳，后又让周瑜的父亲周尚接任，最后选择自己的从弟袁胤治理该地。
袁术对于孙策的行为非常不满，他拉拢丹阳的祖郎等地方势力，并鼓动山越共同对付孙策。而当时太史慈也占据泾县，自称为丹阳太守。
建安三年（198）孙策派徐琨将袁胤驱逐，夺取了丹阳郡，平定宣城以东各地，本来他是上表徐琨为丹阳太守，恰好吴景从北方回来，因为吴景对于丹阳更熟悉，孙策遂迎接刚从袁术处回来的吴景担任丹阳太守，之后孙策亲自进攻丹阳泾县以西。他先进击陵阳（今安徽青阳县东南），擒获祖郎，又进击勇里（今安徽泾县西北），擒获太史慈。孙策平定丹阳回师的时候以太史慈、祖郎二人领军为先导，全军都感到十分荣耀。回吴郡后孙策拜太史慈为折冲中郎将，授祖郎为门下贼曹。于是丹阳平定。
在讨伐祖郎的过程中，孙策曾经一度被祖郎军队团团围住，当时是程普同一名骑兵一起保护着孙策，驱马疾呼猛突，用长矛刺敌，将祖郎军往两边分开，孙策才得