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曹变蛟部在急速入关后，却很快接到消息，北京陷落。
听闻此消息，曹变蛟悲痛欲绝，下令麾下人马，继续全速前进，准备与流寇决一死战。
但很快曹变蛟就从秘密渠道得知消息，北京陷落后，崇祯皇帝自杀殉国，太子受伤身死，周皇后及定王还有其他几位皇子被救出，随曹越的大军去往南京。这些消息自然是曹越传送过来的，兄弟两人虽然分镇两地，但他们有秘密的联络渠道建立，如果不是两部人马都在快速移动中，早就联络上了。
曹越原本想叫曹变蛟跟随他的水师战船一起南下，但事情太仓促，局势变化太快，怕出意外的他，没等曹变蛟就率水师战船南下了。
曹越告诉曹变蛟，不必再去救援北京，他给了曹变蛟两个主意：一个就是率军南下，到南京和他会合，他会派大军到山东境内接应；还有就是退往大同，与坚持抵抗的大同军合兵共抗流寇。合兵后，可以考虑继续留在大同与建奴及流寇作战，也可以从大同突围，南下到徐州一线和南京新军会合。
曹越在秘信中告诉曹变蛟，决不能和退往山海关，与吴三桂合兵。
吴三桂肯定会投降流寇，或者归附建奴。不但不能依靠吴三桂，还必须要小心提防主家伙。
接下来，建奴和流寇很可能会有一场大战，即使呆在大同也不会有很大的麻烦。确认了这些消息后，曹变蛟马上做出决定，驰援暂时还未陷落的大同，准备与大同军会合后再做定夺。
曹杰所领的人马，接到曹越的命令后，已经缓缓后退，准备撤回到徐州一带。
山东还是刘泽清的地盘，而南直隶一带。基本被南京新军控制，徐州距离南京没多少距离。退回到徐州一线，背后可以依仗南京新军留守的那部人马，也可以方便接收通过运河而来的军需物资。徐州又有坚城可以利用，可以说退可守、进可攻，即使流寇或者建奴乘势南攻南京新军，或者山东的刘泽清乘乱起事，想消灭南京新军坐大自己的势力。也基本不会有什么大麻烦，对手没太多机会得逞。
曹杰知道自己的谋略完全没办法和曹越相比，但他相信南京新军的战斗力，特别是他亲领的第一营的超强战斗力，因此在不贸然进攻的前提下，他并不担心遭到敌军的突袭，组织大军撤退的时候也是有条不紊。曹杰和其他将领现在唯一担心的就是已经成功逃离北京，乘海船南下的曹越等人的安全。
在海上，总没陆上那么安然无惧，万一遭遇风浪或者其他麻烦。很可能遭遇意外，曹杰对曹越非常崇拜，他知道现在唯一能安定天下形势的，就是自家主人曹越。如果曹越有什么意外，那大明真的完了。没有曹越，任何人都没办法完全掌领南京新军。
不担心自己所领大军安全的曹杰，还有其他将领，最记挂的就是曹越的安全。
而此时的曹越，正率领水师船队，顺着刚刚起的北风南下。
说来也真是凑巧。就在曹越离开天津卫的当天，海上的风向变了。一场这个时候差不多应该来的寒流从关外吹过来，寒流给大地带来了巨大降温的同时，也给曹越南下的船队提供了极大的便利。船队挂满帆快速南下。比预计的速度快上很多。
在南京重建大明朝廷，拥立新君，任命一大批官员，把大明政权重新运转起来这是重中之重。此时的曹越，有归心似箭的感觉。虽然说北京沦陷的消息不一定马上就能传到南京，但很有可能在他率船队抵达之前这消息已经被南京军民所知。他清楚这消息传到南京后，会带来怎么样的震动。
而能减轻震动强度的，就是他率船队抵达南京，拥立朱慈炯即位，将大明新的政权建立起来。他希望自己的船队能在消息传到南京之前抵达南京，那样许多事情做起来就方便多了，南方也不至于出现大的动乱。
为了在最短时间内抵达南京，曹越令船队以最高的速度航行，沿途不做任何停留。在整个航行期间，曹越没和另外一艘战船上的孙传庭有任何的交流，他清楚现在这种时候，他和孙传庭的想法肯定会不同。他并不想过多接受孙传庭的建议，他希望自己的想法能最终付诸实话。
原来历史上南明小朝廷在短短一两年内就覆灭了，看过不少明末书籍的曹越，也清楚为何会出现这样的情况，这一路南下的时候，他考虑最多的就是如何才能尽量避免重蹈历史覆辙。孙传庭是这个时代的人，再有能力也没办法跳出这个时代的局势，而他这个熟知历史穿越人则不然。
迂腐的官员自然不能任用，朝事也不能由朱慈炯这个新立的皇帝决定，要想让新建议的政权高效运转起来，只能以军管的方式实现。他要当明末时候的曹操，挟天子以令诸侯，并将大明新政权纳入全民战争状态，大规模扩编军队，消灭不愿意听从新政权的流寇、外虏及军阀势力。
一路南行的过程中，现在就在想这些问题，并且将所想的大部东西都写了下来。他准备在抵达南京之前，再和孙传庭好好讨论一下，让孙传庭接受自己的想法。
他相信他能说服孙传庭，毕竟现在孙传庭所有的一切，都是他给的，甚至包括性命都在他的掌握之中，他并不担心孙传庭与他对抗。
当然曹越也非常关注北方的战况，他在离开北京之前，将原本带在身边那几百名战斗力最强