但是到了12世纪末、13世纪初，西欧天主教教会发生了重大转折，教皇英诺森三世（z）在位时（1198～1216年），教皇的权势达到了顶峰。英诺森建立起严格的教会等级制度，其中教皇为天主教会的最高统领。下面设有大主教、主教等。主教各有自己的管辖区，管理本教区的教会事务。
教皇集大权于一身，各国的主教都要完全受命于教皇。英诺森有句名言：“教皇是太阳，皇帝是月亮，就像月亮要从太阳那里得到光辉一样。皇帝要从教皇那里得到政权。”当时英国、瑞典、丹麦等国封建君主制下的国王都对教皇俯首称臣，德国皇帝自然也不例外。
教皇权力绝对集中的重要结果之一，是对信仰及文化教育的垄断。他们建立起反对异端的理论纲要，对他们认为怀疑或反对天主教教义的人进行残酷迫害和镇压。他们对法国南部阿尔比地区的反对势力进行的血腥镇压中，有成千上万的法国人横遭抢劫杀掠。
从1232年起，罗马教会授权多明我传道会的传道士主持对异教徒“卑劣行径”的讨伐、审判和迫害。凡是被认为不尊重天主教教皇权威、公开回避教会教义的人，都要被判为异端，受到臭名昭著的“异端裁判所”（又叫宗教法庭，1231年建立）的审讯迫害。
多明我（1170～1221年）是西班牙人，1216年多明我传道僧侣会的发起人。异端裁判所的最高裁判官多为多明我传道会成员。他们对付“邪教”的方法是秘密审讯、严刑拷打并处以火刑。1252年，教皇还公开认可将施刑作为合法的审讯手段。这使以前一贯认可的自我陈述、对上帝起誓无罪等供认方式，变得毫无价值；也打破了以往“哪里有起诉人，哪里便有法官”的教会法庭惯例。
1233年，教皇格列高利九世eyix）在他关于惩处异端的谕书中，首次将异端与巫术等同划一。
第一位执行这个教皇谕书的德国人是玛勃格b，他是当时全德国地区异端裁判所的总裁判官。按照规定，裁判官可以得到“异端”所有家产的一半，因此，他专门逮捕贵族和富人，对他们进行逼供审讯，将他们判为异端处死。恐怕正是由于他作恶多端，造成民愤极大，很快遭人杀害。
接下来在美因茨德国教会会议上，教会一致通过了清除传道士、整顿异端裁判所的决议。这个决议使德国在接下来的250年里，在教皇的惩巫谕书下达之前及《锤击妖巫》一书出笼前，幸运地避免了异端裁判所的涂炭。然而在异端裁判所的重灾区西班牙、法国和意大利。却有无数无辜者受到这个裁判所的迫害。
著名天文学家布鲁诺便是其中之一。他因有背教义，提出“宇宙是无限的，太阳不是宇宙中心且不是静止的”学说，于1600年2月被烧死在意大利罗马城的鲜花广场。
1479年，为了对付德国地区当地政府对异端裁判所的抵抗，教皇英格森八世将两名多明我传道士英斯提多里斯和司本格命名为德国及莱茵河地区的异端裁判官。英斯提多里斯曾在许多地区追捕过异教徒和巫师，司本格是一位大学者，担任过科隆神学院教授。
这两位都是心狠手辣的极端教士。就是他们两人1484年南下罗马，拜见教皇英格森八世，向教皇讲述德国地区撒旦王国存在的确实性、危害性及对其应坚决镇压的必要性。说服教皇下达了祸国殃民的惩巫谕书。
3年之后。这两位神学家臭名昭著的《锤击女巫》应运出笼。它就是接下来几百年间迫害女巫恶潮中重要的施暴纲领和法律文书。这么一来，德国也因此成为剿杀女巫恶潮中的西欧重镇。
1452年，古滕堡（be在中国人活字印刷术发明400年后发明了用26个拉丁字母制版的印刷技术。这项新型印刷术的应用推广，更使这本书在欧洲迅速传播开来。最初对女巫存在之说还半信半疑的人。也慢慢信以为真了。紧接着，起诉书犹如雪片纷飞而至。
一时间，柴火熊熊，乌烟遮日，杀声四起。屡遭瘟疫威胁下的民众生活，又加上了一条精神上的绞索，可谓水深火热，困苦艰难。这本书的出现最终招致了旷日持久、波及广泛的惩巫恶潮。1487年至1669年近200年间，该书竟再版了近30次。
好在噩梦终有尽时。17世纪初。西欧各国反对迫害女巫的呼声越来越强烈。1614年，西班牙异端裁判所根据一位北部地区裁判官详尽的事实报告做出结论：关于巫师存在的说法完全是些凭空臆造、没有根由的想象，绝大多数的定罪缺乏真实性，从此教会司法部门需加强整顿管理，不许再接受有关女巫的指控。到1650年。在西班牙审判女巫的事情基本上得到了禁止。
再有声势浩大的文艺复兴运动、启蒙运动的兴起，唯物主义哲学思想得到越来越广泛的传播和推广，认知过程中个人见解的理智性、合法性越来越得到承认；另一方面，自然与国家的地位也从上帝的神权中单独划出，科学家、哲学家对自然世界不断完善的认识与释解，使对魔法、巫术的迷信不攻自破。
文明终于战胜了野蛮，西欧各国也纷纷在启蒙运动的强大压力下，对审判女巫下达禁令（1649年在德国北部，1672年在法国）。1714年普鲁士国王腓特烈?威廉一世专门下达诏书，禁止滥用司法迫害