自从高旭领着旭卫镇介入闽海事务之后，在他制定的同盟会组织框架下，崇明同盟会总部的各个司署各司其职，开始试运行起来。【.】
在政务上，由沈廷扬的行政司负责。在同盟会的控制区，在苏、松、常地区，已达十多个县城，在同盟大会中公举出来的十多个知县都各自奔赴上任。这些知县的出身不在局限于士人阶层，特别是徽商出身的程璧出任江阴知县，以及高氏的一个大掌柜出任通州知县，这意味着商人阶层初次登上政治舞台。那些有着忠烈之名的本地乡绅，也成为知县的人选，比如嘉定的侯岐曾。不光在阶层上不拘一格，在年纪上也是如此，比如沈从文，成为其中年纪最轻的，他出任上海县知县。至于松江府，则是改称为上海府，由陈子龙作为知府。
在会务上，顾炎武、许用俩人全权负责。当然，如今加入同盟会，需要介绍人举荐，通过考核才能成为正式会员，不再像初立时那般泥石俱下，鱼龙混杂。而且，同盟会在控制区内的每个县上，都设有县务，作为县级单位的同盟会会务建设负责人。
在军务上，则是由阎应元、徐玉扬俩人负责。徐玉扬则是负责前线事务，比如同盟军在苏州、常州两人与清军的对峙。阎应元负责军需后勤，整训预备役。为了避免重复建设，同盟会预备役的训练军区由原先计划的三个削减为一个，开辟浦东军区，包括整个黄浦江以东，金山卫以北，以及沿海的川沙堡、南汇咀地区。第一期的十个预备加强营，三万人都招募完毕，开始投入集训。只要后继的建设资金跟上，第二期、第三期的预备营就可以开始招募，计划中的三十个预备营，将近十万人马的整训扩军计划不会更改。
浦东军区与崇明讲武堂虽然都算是同盟军的训练中心，但两者的目标不同。讲武堂的目标是精英化，培养合格的士官，暂时由高旭委以重任的夏完淳执行他的练军方略。夏完淳一直是高旭的亲兵，耳濡目染了高旭诸多的身体力行，也最为了解高旭的意志和目标，他几乎算得上是高旭的模板产物。
讲武堂是高旭从无到有一手操办起来的，其中的教程和操典都出自他的手笔，甚至校场、营房、食堂、大会堂这些都来自高旭的亲手设计，比如营房里的上下辅床位，严格的卫生条例，有着环形跑道、单双杠之类的现代操敞设。此外，还包括其中的教导队的教官，这些人都出身于高旭的旭卫队，都是高旭意志的执行者。所以，要算起来，高旭是讲武堂的校长，而其中的学员，都算是高旭的学生。
浦东军区的目标是预备兵的初级军人养成，包括基本的队列、体能训练，将来作为炮灰走上战丑，经过残酷的实战，才能从预备兵成为一名正式的同盟军士兵。
对于浦东军区的建设，阎应元基本上移植了讲武堂的诸多元素。开辟一个容纳三万人以上集训规模的军区，这需要大量的人力物力财力，也需要一个统筹能力极强的人启动这个项目。幸好，阎应元在后勤统筹方面，在练兵方面，都有杰出的才能。
阎小玉见父亲-日渐消瘦，便开始分担阎应元的压力，接过了物资统筹的担子，以一介女流之身，成为浦东军区的后勤大管家。在这方面，阎小玉不仅遗传了阎应元的天赋，也有在江阴守城战中的实践经验，所以，她对这个工作也颇为得心应手。
至此，阎应元有了女儿的帮助，从繁杂的后勤事务中脱身出来，开始专注于新兵的整训操练。
当然，高旭虽然身在福州，但江南到福建的快船只需三天左右，对于崇明本部的事务，高旭都通过定期的简报了如指掌。在浦东军区的开辟上，高旭也提出了不少的意见供阎应元参考。
对于高旭不坐镇崇明中枢，反而跑到福建去争地盘，阎应元并不完全赞同，而且对于高旭能在闽海中取得何种程度的胜利，也颇为保守。以阎应元看来，现在关键的是不是能争多少地盘的问题，而是能消化多少地盘的问题。如今在江南，同盟军已坐拥原为松江府的上海府，大半的苏州府、常州府，这天下最为富裕的三个州府差不多都已经掌控在手中，只要消化了，建设为根本之地，再逐鹿天下也不迟。
但高旭却是认为只要定下框架，选择贤能，自己坐不坐镇中枢，也是一样。凭着他的“上帝之手”，缔造同盟会这个驱逐鞑虏、恢复中华为目标的政治组织，给予最初的启动力之后，能走到何种程度，就要靠它的自转来发展了。
让这个世界离开自己，也能转动。
如果偏离了自己设定好的轨迹，再出手纠正。
这就是高旭的目标。
所谓创业容易，守成难。
恰恰阎应元是属于守成型的最好人才。自己不在崇明中枢，也是对阎应元能力的考验。
当福州大战的捷报第一时间传到崇明时，江南再一次掀起同盟会运动的狂潮。高旭的个人声望更是攀到新的峰值。如果说吴淞之战，是旭卫镇的初鸣，但这次的福州大捷，已经奠定了同盟军凌驾于满清铁骑之上的军威。
如今同盟会俨然成为光复区的执政机构，而且加入同盟会的条件也日趋严格，投身同盟军，获取军功，再成为会员，成为其中最快捷的途径之一，这使得投身同盟军的丁壮趋之若鹜，在浦东军区的新兵招募处，天天人满为患。
只要拥有同盟会的会籍，就能享受各种福利