石湾阵地失守之后，清军在小石湾上扩建了大量的炮台，一面全力狙击江面上同盟舰队的骚扰，一面又居高临下地炮轰江阴城内。博洛又适时地诱降，使得江阴城内人心浮动。大妈性子的陈明遇除了晓以忠义，一时间束手无策，但阎应元却是意志坚定之辈，在他的激励之下，全城又起死守之心。
但是，阎应元因为当初重病未愈，就呕心沥血地主持防务，再加上在城头受到箭伤，以至再次积劳成疾，身体的生机更是透支过度，到了十月初，每天除了晨晚两次抱病巡城，其余时间只得在明伦堂卧床静养。
阎应元病倒之后，其女阎小玉虽为女子，但是她无论坚强的性格，还是出色的统筹能力，都颇有乃父之风。她除了要照顾父亲，传达阎应元的各种指令，而且她在数个月来对各种守城钱粮物资的调度，救死扶伤的安排，都处理得条条有理，这使得她拥有不亚于其父的民望。
在每一次明伦堂的会议上，身为江阴同盟会理事的陆楷仍然怯场，不擅言辞，但他每日在大街小巷上当众呼吁驱逐鞑虏恢复中华的号召，性情所至，却是一如既往的慷慨激昂。这看在望夫成龙的阎小玉眼里，陆楷虽非像父亲那样的智勇双全之辈，但光凭着他的这番热血，足够让阎小玉心生一丝欣慰了。
阎应元虽然病卧明伦堂，但文事有训导冯厚敦、贡生黄毓祺、戚勋等人商议，武事有陈明遇、季从孝、武举人王公略、汪把总等人各守一个城门，再加上陆楷为首的热血书生们鼓舞民志，而且因为当初高旭大批粮饷的支援，城内没有缺粮之危，阎小玉又把各项琐务安排得井井有条，所以一直以来，虽然城外清兵攻城凶猛，江阴仍然还在坚守。
在阎氏父女的主持下，城内的人力最大限度地调动起来，所有的青壮轮流上城死守，骄们则是在城内搬运守城用的檑石，捡拾清军射入城内的箭矢。
当日高旭信手涂鸦却有着众人血誓的旭日中华旗，仍然飘扬在明伦堂之前。
在旗帜之下，阵列着无数上城守战而阵亡的义民，每天都有成百上千的伤亡，大量的积尸堆积如山。城内所有的棺木虽然都集中起来，但不是装死难义民的遗体，而是填满土石，去修复被清军轰毁的城垣。
进入十月份以来，随着清军的攻势越发的歇斯底里，城内的形势也越发的严峻逼人，靠近城墙的民居早就成为一片瓦砾，清军不仅用大炮轰击城墙，也大量地投射火箭入城，不计其数的民居遭到焚毁，城民的伤亡也越发的增多，到了最后，阎小玉都无法调出收聚遗尸的人力了。
拒战事日趋绝境，每当阎小玉仰望明伦堂前的那面中华旗时，她仍然没有绝望。
“相信我，我会回来的。”
当初高旭在临走之时，曾经很认真地对她说下这句话。
每到黄昏残阳如血的时候，阎小玉总会伫立在明伦堂前高旭亲手缔造的中华旗下，默默地道“如果你要回来，请快一点，这满城的热血，都快流完最后一滴了。”
直到十月上旬，阎小玉期望的人没有来。
但有一样东西却突如其来。
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今年的夏天与往年无异，仍然酷热无比。由于炎热的天气，在残酷的守战中，在江阴的城内城外，尽是成千上万来不及掩埋的尸首。这些遗尸往往在数日之间就发出令人作呕的尸臭，然后是无数的野鼠在偷偷噬食。
阎小玉是直隶通州人，自小在北方长大，对于北方动辄流行的连年大疫触目惊心。大疫最易在炎热的春夏季节滋生。比如崇祯十六年，通州、昌平、保定府均有大头瘟（鼠疫引起的颈项肿大），染者即死，并且传入北京。次年李自成领大顺军入京时，当时也正值京城大疫。
所以，阎小玉每一次看见噬尸的野鼠时，她都在心惊胆战。几乎整个八月份，她都全力以赴地调度民力处理城墙下的遗尸，担心谈之色变的鼠疫爆发。
直到九月秋风起的时候，天气没有像往年那样迎来秋老虎，而是切切实实地凉下来，冷下来，刚进入十月份，冬至的时令未到，但天气已经浑然像个冬天了。
阎小玉担心的大头瘟鼠疫没有爆发的迹象，她终于放下悬着的心思。
但阎小玉并没有放心多久。
十月初九的晚上，清军的攻势仍然像暴风骤雨一般，又有无数的义民在城头倒下。
在城墙下调度守城器械的阎小玉无意地走过一个守卒倒在地上的遗体旁边时，看到这个义士死不瞑目的眼睛，她不由倒下脚步，默默地俯下身，掏出手绢，仔细地擦去他脸颊处的鲜血，然后合上他的眼睛。
就在阎小玉准备无语而去的时候，突然觉得那义士的脸颊有点异常。
阎小玉再细细看去，只见那义士的额部、面颊、臂腕、躯干和下肢都出现新鲜的红色斑疹。
她顿时呆立当场。
愣了好一阵子，阎小玉马上深入调查这种症状，发现很多守卒和城民的身上都出现了皮疹，有的是红色斑疹，有的是丘疹，有的甚至是疱疹。
就在全城义民在城外红夷大炮无停歇的炮火轰击下，在一波又一波清军蚁附攻城下，在转瞬间生死立判的挣扎中，痘疮，也就是俗称的天花，竟然悄无声息地蔓延开来。
天花病毒不耐高温，与鼠疫不同，最易流行的是冬春季节。现在尸积如山的残酷战况，气候入冬后的骤然变凉，给天花