在采取遏制瘟疫措施的这段时间，孝感的战事并非完全停止，只是相对于之前那种大规模冲锋的进攻方案是被搁置了。至于近卫军的炮兵部队依然不遗余力的在向孝感防线放弃炮击，结合瘟疫的情况，使得敌军遭到了不少的压力。
终于在六月底的这天，之前一直埋伏在孝感防线侧翼的两个团，趁着孝感正面防线从侧翼抽调兵力填补的空荡，见缝插针般发动了一次关键性的突袭。成功突破了孝感侧翼防线的超过五百米的阵地，全歼了在这里驻守的一个团的敌军。
不仅如此，近卫军利用突破侧翼防线的契机，一鼓作气沿着敌军堑壕的交通道继续挺进，甚至把战线推进到了孝感防线的腹部地区。这一局彻底让防守的敌军乱了套，所谓坚固到如此地步的防线居然也有被突破的时候，并且还是一经突破就到了一发不可收拾的地步。
坐镇指挥孝感的熊秉琦完全手足无措，一方面要为瘟疫的情况担忧，另外一方面还要担心近卫军占领并且切断了东北方向好几处后勤交通。北洋军事改革委员会名气虽然大，可毕竟后力不足，没有那么庞大的经济支持也没有那么多预备兵力。之前因为强行征兵导致民乱四起，革命党人还趁机大肆煽动老百姓起义。以至于后方的补充兵断断续续，时有时无，而前线瘟疫所造成的伤亡是持续不断。
在他看来，孝感防线熬到今时今日真正算是到了一个头。眼下前线兵力不足，后方支援不足，又有关键阵地的交通被突破截断，场面依然失去了控制。
坚持到当天下午，熊秉琦完全失去了继续作战的信心。但是也不能因此而贸然放弃防线，毕竟前线还有好几万的士兵在作战，近卫军又贴的那么紧，一旦下令撤退，必然会演变成为一败涂地、一溃千里的局面。到那个时候真正是追悔莫及。
无奈之下，他只好想了一个办法，借口要亲自到汉口讨要后援和补充，把司令部交给了副司令来指挥，自己连夜便先返回到汉口去。临行之前，他还专门发了一封电报，痛陈前线缺乏兵力和物资，以及瘟疫肆虐所导致人心惶惶，又埋怨后方迟迟没有援军和救治资源，自己必须亲自到汉口向曹主席当面陈情。
这份电文马上就把他的角色翻转了一圈，由被动变成了主动。
近卫军在孝感这边鏖战了两个月的时间，阵亡了超过七千名士兵，受伤了近三万人。对孝感防线的顽固早有心伤，如今好不容易突破了阵地并且占据了足够向后突进的交通要道，各路部队当然信心大作。蒋百里马上下令正面采取牵制火力，并且连续抽调了两个团和司令部直属警卫团，火速赶往三汉镇，由此处沿着打开的缺口继续发动挺进进攻。争取在两天之内彻底击垮孝感防线的东部阵地。
针对孝感防线侧翼阵地的突破作战四个团采取了轮流进攻的策略，几乎是无缝隙的保持持续进攻。本来守军士气已经受到了极大的创伤，随着阵地被打开缺口之后，更是士气大跌。再加上守军当中的许多补充兵是没有接受训练的强征兵，这些人本来就很痛恨北洋军，并且也没有任何心思来当炮灰，所以随着东部战事的扩大，马上就出现了逃兵。
哪怕在逃跑的过程中遇到了一些军官喝止，但在军官还没拔出枪来制止逃兵之前，这些逃兵已经怒火无法压制的先出手，用刺刀和枪托把这些阻止的人直接打死。
东部作战连续打了三天三夜，总算在黎明之前完成了上面的作战任务。
而随着孝感防线东部侧翼阵地的彻底陷落，整个孝感防线的腹背暴露无遗。
无论是正面阵地还是西部阵地、南部阵地，一下子就等同于被剥脱了堑壕防御力，只能面对面与近卫军进行接战。不仅如此，还得面临近卫军的双重夹击。许多守军担心再这么下去，整个阵地会被近卫军切成两段，到时候就彻底陷入了包围，连逃跑的机会都没有。
几个前线的团部又没办法联络到司令部，即便联络到司令部，最高指挥官熊秉琦人都不在了，副司令也早就找借口离开。根本没有人下达合理的命令。于是军心彻底混乱，逃跑的情况不再像之前几天那样，只是小股小股的逃跑，这会儿竟是一个连、一个营的逃。
至于那些逃跑不了的士兵，索性就直接选择投降。反正只要能活命就好。
到了七月七日，孝感阵地彻底失手。
蒋百里利用手头上一万五x不到的可用兵力，歼灭孝感防线敌军四千余人，俘虏敌军超过两万人。在付出了极其惨重的代价之后，总算攻克了这个重大的难关。而这个时候，第五师、第一兵团也算是元气大伤，再加上孝感作战的善后工作繁重，没办法立刻向汉口进发。只能先在孝感停驻下来进行整顿。
不过孝感的突破，给整个近卫军都带来了极大的士气。这表示接下来进攻汉口已经不再遥远，所谓的北洋军事改革委员会的闹剧也该告一段落。这场北洋内部的矛盾总算到头。