相对于科举，坐落于濮阳的陆军学院也进行了适当调整，原先陆军学院只有一个初级班，用于将战功卓著的士兵培养城低级军官。改革后，陆军学院将对外招生，将每年从各地和军中招手学员加入初级班。
初级班毕业后授予准尉军衔，然后加入军队。
另外，陆军学院还增设了高级班，主要从军中的大尉、上尉中招收优秀学员，进行培训，成功毕业后将授予少校军衔。
此外，陆军学院还特设了参谋班，人数稀少，但要求极高，因为参谋只设置在旅级建制当中，军衔少校，所以，也属于高级班的一种。
初级班每年招生一次，而高级班和参谋班则三年一次。
辽南水师学院也如出一辙，增设高级班、参谋班、陆战班。
接下来的主要任务就是稳定内部、形成一套有效的制度体系，消化并稳固兖州的地盘，扩充军队，特别是水师方面，为平定江南未雨绸缪。