1888年，他放弃了牧师的职位，担任了全美浸礼教会教育学会的秘书。
盖茨急于想从洛克菲勒口中得到一个承诺，于是他便忙着找洛克菲勒交谈。
有一天，洛克菲勒邀请盖茨共进午餐。在探讨建立芝加哥大学的事时，洛克菲勒说：“我认为我们正在取得进展，我们将会继续探讨这个问题。”
盖茨离开的时候，洛克菲勒对他说：“我想邀请先生跟我一同去一趟克利夫兰。”盖茨立刻答应了。
在前往克利夫兰的路上，盖茨想： 我一定要让他先说捐款的事，这样效果会更好。洛克菲勒锐利的目光好像刺探到盖茨的内心，他平静地说着不相干的话题，对建立芝加哥大学的事却只字不提。
这时一位服务员过来清扫，不小心碰到了洛克菲勒的头。服务员紧张地一个劲儿地赔礼道歉，他却用柔和的声调安慰对方：“这没什么，我不会介意。”
晚上熄灯的时间到了，洛克菲勒若无其事地说：“晚安！ 希望你睡个好觉。”
盖茨爬上了卧铺，心里感到又失望又沮丧，他伤心地想： 你明知我着急得要命，却还在耍我啊！
在得到盖茨的一系列保证之后，洛克菲勒终于郑重地说：“我同意为芝加哥大学的重建捐款，但是你要先去筹备，并拟一项完整的计划给我。”
1889年5月18日，浸礼会在波士顿的提蒙礼拜堂召开大会。在会上，盖茨宣读了洛克菲勒的来信，信中说他将捐助60万美元作为建校的基金，希望能抛砖引玉，招来很多的捐款，共同创建这所学校。
会场里顿时一片沸腾，直至此时，盖茨才真的有如释重负的感觉。而洛克菲勒在一夜之间，头上又出现了金色的光环。
教友们纷纷响应洛克菲勒的建议，数日之内又收到30多万美元的捐款。捐款的人包括教友、商人、芝加哥大学的校友等。
对于洛克菲勒来说，那笔60 万美元的捐款不过是第一步。此后，他多次向这所学校投入资金，支持他们渡过难关。但是在他坚持10年之后，他决定停止资助。至此，他的捐款总额已达到3.4亿美元。
洛克菲勒不但捐款，而且在学校创办的过程中，不辞辛劳地帮助招聘各种教学人员。但是他并不想管理这所学校，也不想借这项事业使自己扬名。
这时，越来越多的求助信，把洛克菲勒压得喘不过气来。于是他请来盖茨，开门见山地说：“我的原则是在没有仔细调查一项事业之前，我是不会随便捐助的。但是这项调查花费了我大量的时间和精力，所以我必须有一位助手。”
“我完全同意您的看法。”盖茨点头说道。
洛克菲勒眼睛盯着盖茨说：“我一直在留意您，我认为您是最佳人选。我想请您在纽约建立办事处，帮助我做慈善工作，由您负责调查和面谈，把结果汇报给我之后，再决定怎样做。您的意见怎样？”
“我愿意接受您的建议，我将尽力而为。”盖茨爽快地答应了。?个月后，盖茨在百老汇26号附近开了一家办事处，还召集了一批顾问，开始把老一辈的善举转变成现代化的慈善事业。
于是所有的求助信都直接送到盖茨的办公室，经过盖茨认真调查后，他把认为有价值的信件递交给洛克菲勒，并把资料和他的建议写成一条条简洁而有说服力的备忘录，让人一目了然。
有一次洛克菲勒请他顺便看看自己的几项新投资，通过一番仔细调查，盖茨惊讶地发现大约有20个项目是别人设计的圈套，起因全是洛克菲勒轻信他的浸礼会教友。
当盖茨把真相告知洛克菲勒后，大为震惊的洛克菲勒只好请盖茨收拾残局。于是盖茨一下子担任了13家公司的经理，他大刀阔斧地干了起来，一边大胆地舍弃关停，一边留下一个木材公司，还买下一大片森林大力发展，总算弥补了洛克菲勒在骗局中遭受的损失。他本人也在其中投了资，获取了丰厚的回报。
对于洛克菲勒来说，盖茨是最忠诚、最有能力的合作伙伴。他曾赞扬说：“在我所认识的人中，只有盖茨把经商技能和从事慈善事业的天赋结合到了一起，而且达到一个前人未能达到的高度。”
1892年10月，在盖茨的努力运作下，芝加哥大学正式成立。校长哈伯用冲天的干劲，盖了数座教学楼，还在短时间内，聘请到众多全国一流的著名学者，让芝加哥大学一夜之间就跻身于全国著名高等学府之列。
1897年学校举行校庆5周年活动，洛克菲勒终于被热情执拗的哈伯校长请去了。
洛克菲勒身穿普通的礼服，头戴丝质礼帽，迈着有节奏的脚步走上主席台，一点儿也没有大人物的显赫模样，但还是一下子吸引了几百双眼睛的注视，人们对这位有些神秘感的传奇人物充满了好奇。
在台上，哈伯校长热情洋溢地总结着学校的业绩，展望着诱人的发展前景，最后面向学校的捐助人说：“我想我们尊敬的捐助人一定已经注意到，学校多么需要建一座宽敞漂亮的礼堂，好代替这座简陋的帐篷。”台下响起了掌声和笑声。
洛克菲勒只是微微一笑。
他打破了原来的约定，站起