人族大战起，轩辕本以为自己习得玉清大法，应该不凡。与蚩尤战于涿鹿。却不知自己修为甚浅。蚩尤施行法术，弄得涿鹿大雾遮天，内外皆迷。轩辕却是不敌，引兵撤退。
等轩辕兵败九次后，却是信心大减。再求见玉鼎。询问破敌之法。玉鼎言，此乃人族战争，自己却不便插手。于是命其在太行山下，焚香祭拜。请求天帝相助，平息战乱。
而此时的天庭，乃是道祖钦定。昊天为玉帝，掌管天庭，西王母掌管仙女。此时王母正在西昆仑山，却感到人族有人祷告。知道乃是天定人皇，兵败涿鹿。特命座下九天玄女前去相助。
这日，轩辕向天祷告完毕，玉鼎命其在营中等候，就见一人乘丹凤，御景龙，着九色彩翠之衣，降临轩辕部落，自称九天玄女，奉王母之命，前来相助。
轩辕一听，却是大喜。他曾听玉鼎说过，这世间要论用兵之道。西昆仑山王母身边有一玄女，却是专功此道。所以带领族人出外相迎。
等玄女一进部落，听说轩辕九战无胜。本以为应该军心涣散，而此时一见，却是暗自点头。心说这轩辕不愧为天定之人。手下士卒屡战屡败，还能保持如此军心却也不凡。这样看来对付蚩尤也不是没有胜算。
“轩辕族长，今日我看你部落士兵，虽然士气高昂，但对付具有巫族血脉的战士，还是不足。”
“还请仙子助我，平定战乱，还我人族太平。”轩辕一听玄女所说，就知道他能提出，必定有应对之法，赶忙向玄女求教。
“要想破蚩尤大军。却不再我。东海流波山，有一奇兽，其状如牛，苍色无角，一足能走，出入水即风雨，目光如日月，其声如雷，名曰夔。你可取其皮以为鼓。可震军心。”
轩辕闻言，亲自带人前往流波山。将夔牛杀死。九天玄女令军士宰夔牛制作八十面战鼓。并且传授轩辕奇门遁甲之术。以用破敌。
而玄女这边准备，玉鼎真人却收集天外精铁。为轩辕炼制一张弓，一把剑。取名轩辕弓，轩辕剑。以破蚩尤大巫之体。
等一切都准备妥当。轩辕这才率领大军，兵进中冀。决定与蚩尤一决雌雄。而蚩尤一见平时只知防守的轩辕，忽然大兵来袭。也是高兴。准备此次一举消灭轩辕，永绝后患。
等两方见面，也不用多说。带领手下向对方阵营冲去。再看轩辕部落中的玄女，一看轩辕冲了出去。并且布好奇门遁甲阵。赶忙命令军士以雷兽之骨，大击八十面夔牛皮巨鼓，一时鼓声大作，一击震五百里，连击震三千八里，只见整个战场地动山摇，天旋地转。喊杀冲宵。
再看蚩尤，被轩辕困在阵中，与自己士卒不能相顾。于是现出三头六臂，杀向轩辕。
轩辕一看蚩尤杀向自己，也不惊慌。拉开轩辕弓射向蚩尤。蚩尤一看寒光将之，却不躲闪。径直用身体迎了上去。再看一声巨响，箭与蚩尤碰在一起。却把蚩尤撞倒在一旁。
蚩尤一见，也是吃了一惊。心说自己乃是大巫之体。平常刀剑都不能伤的自己分毫。但此箭虽没有伤到自己根本，却破了三头六臂的神通。当下也不敢掉以轻心，变回本身，举虎魄刀与轩辕站在一处。
再说阵外，蚩尤被困，九黎部落兵将却是大乱，向阵中冲杀。玄女一看，赶忙命士兵以鼓声为号，杀死蚩尤手下大半。并且杀向蚩尤军营。
蚩尤一见自己士兵损失大半，却是分神。轩辕抓住空隙。一剑砍向蚩尤。把蚩尤斩杀。
再看蚩尤余部，一看蚩尤被杀。却是大惊。心说蚩尤乃是大巫之体。却本这轩辕手中之剑斩杀。于是纷纷败退。
轩辕见蚩尤大势已去，命士卒趁热打铁。一举杀破敌营。得胜归来。
等轩辕得胜回营。审问对方俘虏。里面正好有那挑拨蚩尤之人。轩辕这才明白，蚩尤并非残暴之人。攻打自己乃是受人谗言。又因蚩尤虽死。但他的九黎部落联盟犹在。并且甚是拥戴蚩尤。
轩辕看着蚩尤的尸体，非常后悔。但是蚩尤已死，人族需要和平。所以轩辕命族人，把蚩尤的形象画在军旗上，以视对蚩尤的尊敬。并且用来鼓励自己的军队勇敢作战。
而其他部落之人，一听蚩尤兵败。有很多部落想要为蚩尤报仇，等带兵杀向轩辕部落，这才知道原来两方的战争全都是小人挑拨。再看人族，经历了数年的战争，都渴望和平。再听说轩辕乃是仁德之君，又拜圣人门徒玉鼎真人为师，也都纷纷归降轩辕。
这样，一场人族战争这才结束。轩辕被人族尊称为轩辕皇帝。
轩辕有感蚩尤大德，虽然以杀止杀有为天和。但也是一心为了人族。所以特命族人，尊称蚩尤为“兵主”，即战争之神。而且为了人们记住蚩尤九黎部落的功绩，从此称呼人们为黎民百姓。以视蚩尤大功德。
而人族太平，轩辕也参悟玉清大法。创《黄帝内经》流于人族。终于征得圣皇之位。飞升而去。
再看轩辕证道，三皇归位。天道感应三皇功德，仙乐齐降。以视庆祝。而天外也降下数份功德，三分降于火云洞。被三皇所收。
另外三份，一份黄龙所得，一份给了玉鼎，还有一份给了红云。
原来，三皇归位，天道感情黄龙,玉鼎教化之恩。特也给了他们一份功德。而红云，火云洞乃是他的道场。但红云感悟天道，心知火云洞日后之功德，所以让出自己道场，去了那三十三天外