1915年，石原莞尔考上了陆军大学。在陆大学习期间，他接受了更加系统性的军国主义教育，并且开始思考自己的军事侵略理论。第2名的成绩从陆大毕业，同时被晋升为步兵中尉。サ笔保日莲宗是日本非常盛行的一个佛教教派。石原莞尔受这一教派思想的影响，从陆大毕业后，就加入了日莲宗的佛教团体“国柱会”，成为著名僧人田中智学的忠实信徒。192o年4月，石原莞尔被派往驻汉口的侵华日军华中派遣队司令部工作。石原莞尔在汉口工作的一年多时间中，先后考察了中国湖南、四川、南京、上海、杭州等地，积极搜集中国政治、经济和军事方面的各种情报，这些信息为他形成“大陆扩张”的侵略思想奠定了经验基础。他根据观察总结了对付中**阀的办法，认为“比起武力会战，收买、宣传具有更大的价值”。同时，实地的观察也增强了他侵华的信念，他曾写道，“以列国的干涉对中国实行国际共管”，“其主动者必须是日本”，“可惜现在我们没有这种力量”，如果“在建国精神方面，日本应该有统一世界的大正义”，“这种力量展现出来后，英美的财力和兵力则毫不足惧”。1921年7月，石原莞尔奉调回国，担任陆大教官。1922年，被选派赴德留学，主攻战争史。
留学期间，石原莞尔系统的整理并完善了自己的战争思想。1925年，学成归国，石原莞尔继续任教于陆大。
2o世纪2o年代，石原莞尔撰写了大量文章和报告，系统梳理和阐了自己的战争观。这些文章主要包括：《现在及将来的日本国防》、《战争史大观》、《扭转国运的根本国策——满蒙问题解决案》、《关东军领有满蒙计划》、《从军事上看日美战争》、《满蒙问题我见》等。这些文章集中反映了石原莞尔的侵略理论和主张，他提出，“源于中亚的人类文明分为东西两支，几千年来各自挥其特长和特点，不断进步，而最近两三个世纪的展更是突猛进。时至今日，这两个文明已形成隔着太平洋而相互对峙的局面”。这种局面必将导致战争，战争之后将走向统一，最终“创造最后最高的文明”，使人类文化进入“黄金时代”。这次“人类最后的大战争”将是“以日美为中心而进行的世界大战争”，将“先是持久战争，然后是决战战争”。因而，他强烈主张，为了使日本在未来的世界大战中能打好持久战，并取得决战的胜利，先必须占领中国东北，使之成为日本“以战养战”的战略资源供应基地。他的这种侵略思想直接指导了日本关东军动九一八事变和展开对中国东北的侵略活动。
1928年1o月，在关东军高级参谋河本大作的推荐之下，石原莞尔被调任日本关东军参谋。石原莞尔觉得找到了自己的“用武之地”，开始推行他所构想的“以战养战”侵略中国东北的阴谋。
到关东军司令部赴任之前，石原莞尔已经仔细阅读了有关中国东北地理的书籍、地图，并且同关东军各部队军官谈话，深入了解和掌握了东北的情况。当时日本军部担心如果侵略中国东北，可能会导致苏联方面的干涉而引日苏大战，狡猾的石原莞尔根据自己掌握到的情况，猖狂地认为，日本政府及军部中央没有必要担心与苏联的冲突。因为苏联的远东运输能力薄弱，仅能将一部分兵力用于远东，倘若日军进攻外贝加尔以东地区，苏联都可能会放弃。
此外，美国在远东没有进攻日本的据点，很难攻击日本，美国海军在布局上不够匀称，日本海军实质上也不是处于绝对劣势的。因此，美国的渡洋作战只不过是空谈，至多只能对日本进行经济封锁而已。总之，石原莞尔的结论就是，日本可以放心地侵占东北，甚至侵占整个中国。
1929年7月，石原莞尔推荐他的老朋友“阴谋老手”板垣征四郎任关东军参谋，从此二人开始共同为霸占中国东北而积极活动。
从1929年起，石原莞尔和板垣征四郎先后组织了四次“参谋旅行”，侦察东北地区的地理情况和东北军的兵力分布情况，为将来动侵略战争做准备。在以“旅行”为名进行的军事侦察活动中，石原莞尔和板垣征四郎带领关东军的作战参谋，经过实地刺探，形成了诸如“攻击哈尔滨和防御海拉尔的问题”，“关于占领地区怎样统治的问题”，攻打锦州的战术，“夜袭弓长岭的现地研究”和“攻打奉天城要领”等详细的侵略作战计划。ピ凇安文甭眯小敝校石原莞尔等人窃取了大量军事情报，同时也意识到，东北地域辽阔，关东军不足两万人是难以战胜多达数十万之众的东北军的，因而，常规的军事入侵方法是无法取胜的。对这样的“困难”，石原莞尔想出了“由里向外来占领满洲”的方法。1931年3月4日，石原莞尔主持制订了《为解决满蒙问