,南京保卫战爆,邱雨庵协助总队长桂总队长率部参战。由于是抗战处*女战,邱雨庵作战极为勇敢。但是由于最高统帅部决策失误,守城的唐总司令指挥错误,南京城很快失陷。南京城陷后,邱雨庵和部分守军一道拼命突围到芜湖。但日军在南京屠杀中国战俘的暴行在邱雨庵脑中留下了难以磨灭的印象。从此,邱雨庵对日军更加仇恨,只要和日军对垒就激动得象疯一样,猛冲猛打。日军一听到“邱疯子”的名字,都颇为畏惧。第一个机械化部队――2oo师成立,杜光亭任师长,邱雨庵副之,不久奉命参加河南兰封战役,当面之敌是号称日军精锐的土肥原师团。这时邱雨庵手上有了装甲部队,正踌躇满志准备大干一场,就扬言说:“这些敌人算得了什么!看我们打它个落花流水。”6月21日,邱雨庵亲率两个装甲营向兰封城外的日军作试探攻击,一度迫使日军兵退数里。可惜邱雨庵没陶醉几天,部队就遭到日军凶猛反攻。2oo师装备虽好,机械化作战经验并不丰富,只好一退再退,再加上与邱清泉合力防守兰封的第27军作战不力,兰封很快告失,已成瓮中之鳖的土肥原师团竟然得以从中**队的重兵合围中溜走。由于第27军的桂军长也曾在德国深造,邱、桂二人从此被黄埔校友讥之为“德国将军”,意为无能。兰封出丑并没有影响邱桂二人的前程。最高统帅袒护黄埔嫡系,并没有治二人的罪,只是将另一有失误的将领枪毙作为替罪羊。第5军,邱升任该军新编22师师长,率部驻湖南东安县整训。在此期间,邱充分挥其军事教育训练方面的特长,一面向部队灌输军事哲学,一面教授德国之机械化战术,很快使22师成为一支劲旅。1939年3月,经国民政府军事委员会校阅评定:“第第第一”,并夸赞“新编22师训练优良,军纪良好。该师邱师长雨庵,爱士兵如兄弟。”
那位邱师长,打仗不要命,对待同僚也是一向十分倨傲,给人一种眼睛长在头顶上的感觉。所以,他尽管很能打仗,在军中同僚里的口碑却很不怎么样。