西方教会从不坚持要禁止图像敬拜，而东方教会最后都放弃图像敬拜。事实上，双方为图像敬拜都设立界线，并且订立了规条。然而当这个问题引致教会与政府发生磨擦时，东西方教会的关系就受到严重伤害。726年，皇帝利奥三世颁发反图像崇拜的命令，罗马主教因而指斥他，导致皇帝报复，撤消罗马对很多地方的管治权。罗马在失去了宝贵的土地的同时，另外发生了一连串的事情，影响到罗马的地位，矛头因而重新指向东方教会，指出其倾向国王兼教宗制度。皇帝干涉很多宗教的问题。
【历史发展】
325年尼西亚公会议以后，以君士坦丁堡为中心的东派教会和以罗马为中心的西派教会间，因政治、经济、文化上的差异,矛盾逐渐尖锐。330年君士坦丁一世迁都君士坦丁堡后，两派在谁居教会首席地位的问题上，争斗愈烈。以后历经6～8世纪的“和子句纠纷”和9世纪的佛提乌分裂,以及11世纪东西教会对意大利南部教会控制权的争夺，1054年终于酿成东西教会大分裂。
东派教会自9世纪起,已逐渐向保加利亚、基辅罗斯等国发展。1054年后，拜占庭国势日益衰落，罗马教会继续谋求居整个基督教世界首席的地位。1096年教皇乌尔班二世组织十字军东征。1204年，第四次十字军攻占君士坦丁堡。1206年，东正教普世牧首区被迫迁往尼西亚。1261年，拜占庭皇帝弥迦勒八世帕利俄罗戈斯收复首都，牧首区迁回君士坦丁堡。
12世纪后，拜占庭帝国外忧内患频仍。东派教会原有的四大主教区已有两个（安提阿和亚历山大）为***占领，另一主教区耶路撒冷则为十字军建立的拉丁王国所占。15世纪30年代，奥斯曼土耳其帝国对拜占庭发动进攻，君士坦丁堡向西方求救，教皇尤金四世乘机于1438年召开佛罗伦萨公会议，旨在使东方教会屈服，确立教皇在基督教内的首脑地位。君士坦丁堡普世牧首约瑟二世率领东正教会代表700人参加。会议就炼狱、和子句等教义问题展开争论。由于东正教会让步,次年7月会议签署通过东西教会合一决议，确认教皇为“基督在世代表”，具有全权地位。史称佛罗伦萨合一。后因东派教会内反对派的抵制，迫使参加会议的东派代表声明签字无效，合一终于没有成功。
1453年拜占庭帝国灭亡，君士坦丁堡成为奥斯曼土耳其帝国的首都。苏丹出于政治考虑，对东正教会采取宽容政策，承认君士坦丁堡普世牧首为被征服的东正教徒总管，其监管范围包括东正教会四大牧首区。奥斯曼土耳其帝国以***教为国教，君士坦丁堡牧首虽自称具有普世性，实际上处于被征服地位。16世纪以后，一些国家、地区和民族的正教会先后成立自主教会。君士坦丁堡正教会在督管区基础上成立。1589年，俄罗斯正教会取得自主地位，建立牧首区。以后，使用俄罗斯正教礼仪的教会，常通称俄罗斯正教。
【正教派和宗教改革】
正教派并没有经历宗教改革，而且基督新教派教会对正教派的态度从开始就一直不明确。两边开始时维持着一种热忱和友善的关系，但是基本的教条神学歧见仍是突显了出来，尤其是关于神圣传统，圣灵/圣神由父子分出、自由意志、神圣预定、称义（释罪）、圣礼/圣事的数目、洗礼（正教派的“全部浸在水里”相对于马丁·路德的“用撒或是淋水”）以及是否要如同东正教教堂正教派的“在洗礼后马上施行圣油礼和圣餐礼/圣体圣事”，圣餐礼变动的意义以及使用未发酵的面包，教会和大公会议的无错误，崇敬，盛宴，对圣者、圣者塑像和遗物的祈祷，斋戒和其他教会的传统。由于这些歧见，最终导致两者停止来往。
【东正教自主教会与牧首区】
在拜占庭帝国时期，东正教是帝国国教，它在很大程度上依附于世俗政权，大主教的任免，主教会议的召开，对教义的解释，均由皇帝控制掌握。日常领导则由牧首负责。早期主要牧首区有4个，即君士坦丁堡、亚力山大里亚、安提阿和耶路撒冷。15世纪拜占庭帝国灭亡后，各国家、地区和民族先后成立自主教会。16世纪末，莫斯科都主教脱离君士坦丁堡自立，建立牧首区，形成使用斯拉夫语的俄罗斯正教会，东欧各国正教亦陆续宣布自主。各自主教会在法规和行政方面有独立自主权，并可自选大主教，但彼此之间在信仰和圣事上是共同的。东正教自主教会有15个，即君士坦丁堡正教会、亚历山大正教会、安提阿正教会、耶路撒冷正教会、俄罗斯正教会、格鲁吉亚正教会、塞尔维亚正教会、保加利亚正教会、罗马尼亚正教会、塞浦路斯正教会、希腊正教会、阿尔巴尼亚正教会、波兰正教会、捷克斯洛伐克正教会、美国正教会，另外在日本和芬兰也有自治教会。20世纪60年代，东正教各教会曾联合召开了几次世界性会议，讨论使其教义、礼仪符合时代要求，与罗马天主教平等对话以及参加“普世教会运动”等问题。
东正教不承认罗马教皇的权威和领导，它自设牧首区，牧首区下辖数个首府主教区。主教区首脑为主教，以下是司祭