他们继续向东侵略，先后占领马六甲、爪哇、苏门答腊、加里曼丹、苏拉威西和号称“香料之国”的摩鹿加群岛。
16世纪中叶是葡萄牙殖民帝国的极盛时期，它在西非、东非、阿拉伯半岛、印度、马来半岛和印度尼西亚都设有军事据点和商站，垄断了欧、亚、非之间的主要贸易通道。
葡萄牙人视印度洋为自己的内海，公然拦截、追击和抢劫其他国家的船只，杀人越货，甚至将妇女和儿童沉入大海。他们向被占领地的人民征税、勒索香料，或用镜子、别针、玻璃球等廉价的小商品骗取珍珠、宝石和象牙等贵重物品，运回里斯本高价出卖，获得惊人利润。例如，在印度一公担胡椒不到3杜卡特，运到里斯本可卖40杜卡特。
1517年，葡萄牙人开始与中国通商。1553年，借口上岸晒货，入居澳门。1557年起，设官府，修炮台，窃取澳门为殖民据点。1543年，葡萄牙殖民者到达日本，不久在九州设立商站。
与哥伦布开辟通往美洲新航路的同时，西班牙人就开始了对西印度群岛的征服和掠夺。1492年底，哥伦布在海地北部建立第一个殖民据点。1496年，哥伦布之弟在海地南岸修建圣多明各城，作为统治西印度群岛的首府。西班牙殖民者以海地为基地，进而征服牙买加、波多黎各、古巴和整个西印度群岛，在塞维利亚设印度事务部治理。
他们“象穷凶极恶的豺狼闯进驯服的羔羊中”那样，对印第安人“滥施暴行、肆意屠杀”。到16世纪40年代，海地岛上6多万印第安人仅剩下500人，而牙买加、波多黎各和古巴等地的几十万印第安人已被斩尽杀绝。
1519—1521年，西班牙殖民者征服了墨西哥的印第安人。
墨西哥是印第安人文化的摇篮，玛雅人和阿兹特克人先后在那里创造了灿烂的文化。玛雅人是唯一有文字的印第安人，被称为“新世界的希腊人。”早在公元前1千年前，他们已培育出玉米、番茄、甘薯、南瓜、辣椒、可可、棉花和烟草，为丰富人类生活做出重大贡献。
他们创制太阳历，分一年为18个月，每月20天，剩下最后5天为禁忌日，4年一闰加1天，总长365.2420日，接近现代科学的预测。阿兹特克人已经建立奴隶制国家，中心在墨西哥城，有居民8万人，是当时世界人口众多的城市之一。
1519年4月，西班牙小贵族荷南?科尔蒂斯，率领约600名步兵和200名印第安人，携带10门大炮、16匹战马，分乘11艘船，在墨西哥东海岸韦腊克鲁斯登陆，向阿兹特克人的国家发动进攻。
国王蒙特祖马二世派人给科尔蒂斯送去大量金银珠宝，请求退兵。科尔蒂斯则极尽挑拨离间之能事，竟与许多对蒙特祖马不满的部族结成同盟，于11月进入墨西哥城。蒙特祖马不仅不抵抗，反而亲自主持盛大的欢迎式，把科尔蒂斯迎进王宫里。
科尔蒂斯设计逮捕蒙特祖马，并以他的名义实行统治，勒索金银珠宝。
1520年6月，印第安人奋起反抗，科尔蒂斯一伙乘夜雨仓惶出逃，被杀和落入湖里淹死者不计其数，抢来的财宝落入湖底，这就是著名的“忧伤之夜。”1521年8月，科尔蒂斯再度率兵攻入墨西哥城，变墨西哥为西班牙的殖民地，称“新西班牙。”1523—1524年，西班牙人又侵入危地马拉、洪都拉斯、尼加拉瓜和萨尔瓦多。
1531—1533年，西班牙殖民者征服秘鲁。秘鲁是印第安人的又一个文明中心，自称为太阳后代的印加人在这里建立庞大的帝国。印加人擅长建筑，被誉为印第安人的建筑工程师。首都库斯科有金碧辉煌的太阳庙和栩栩如生的“黄金花园”。他们修建的贯通南北大的大道，被认为是人类最伟大的工程之一。
1531年1月，弗朗西斯科?皮萨罗（约1475—1541年）带领180名士兵，携带2门大炮、50匹战马，分乘3艘船，离开巴拿马，在秘鲁西北沿海登陆。1532年11月，皮萨罗乘印加发生王位争端之机，占领北方重镇卡哈马卡，并巧设伏兵突然袭击，活捉国王阿塔华尔巴，杀死两千多印加人。皮萨罗向国王勒索能填满关押他的牢房的黄金和大量的白银后，又背信弃义地把他杀掉。1533年11月15日，皮萨罗带兵攻入印加首都库斯科，变秘鲁为殖民地。
接着，西班牙殖民者又征服厄瓜多尔、哥伦比亚、玻利维亚、智利等南美国家。到16世纪中叶，西班牙已侵占除巴西以外的中南美洲，建立庞大的殖民帝国。
16世纪初，西班牙成立直接对国王负责的印度事务委员会，主管美洲殖民地的行政、军事、财政、立法、宗教等事务。还成立贸易专署，负责西班牙与美洲的贸易。在美洲，设立新西班牙、新格拉那大、秘鲁和拉普拉塔四个总督区，派总督治理。
西班牙在美洲推行“监护制，其内容是将大量土地和印第安人分给西班牙贵族、宠臣、冒险家和天主教会世袭占有，他们有权迫使印第安人从事建筑、开发矿藏、耕种土地、缴纳赋税和服种种劳役，有权使印第安人成为基督教徒。
在这个情况下，印第