一些学者认为，吴哥窟是苏耶跋摩二世的皇陵，根据有三：一：与吴哥大多数其他寺庙朝东，面对朝阳不同，吴哥窟正门朝西，面向日暮；根据荷兰考古学家博施（boh）的研究，印度和爪哇的殡葬风俗，墓地一律朝西，祭祀的寺庙则朝东。二：画廊浮雕反时针方向排列，是印度教葬礼时在墓地巡行的方向；三：吴哥窟画廊中苏耶跋摩二世与毗湿奴神相貌相似，暗含日后升天成毗湿奴长驻毗湿奴神殿之意。元代航海家汪大渊在1330年-1339年间曾游历吴哥，他称吴哥窟为“桑香佛舍”，这表明在十四世纪中叶，吴哥窟已经改为佛寺。汪大渊还报告吴哥窟有“裹金石桥四十余丈”，十分华丽，有“富贵真腊”之语。
暹罗破真腊国都吴哥，真腊迁都金边。次年，吴哥窟被高棉人遗弃，森林逐渐覆。后来有些高棉人猎户进入森林打猎，无意中发现宏伟的庙宇，也有一些当地的佛教徒在庙旁边搭盖屋寮居住，以便到庙宇中朝拜，但吴哥遗迹多不为世人所知。
1586年，方济各会修士和旅行家安东尼奥·达·马格达连那（antoniodadalena）游历吴哥，并向葡萄牙历史学家蒂欧格·都·科托报告其游历吴哥的见闻：“城为方形，有四门有护城河环绕……建筑之独特无以伦比，其超绝非凡，笔墨难以形容”。但达·马格达连那的报告，被世人目为天外奇谈，一笑置之。
1857年，驻马德望的法国传教士夏尔·艾米尔·布意孚神父（cilebouillevaux，1823年—1913年）著《1848-1856印度支那旅行记，安南与柬埔寨》，报告吴哥状况，但未引人注意。
1861年1月，法国生物学家亨利·穆奥为寻找热带动物，无意中在原始森林中发现宏伟惊人的古庙遗迹，并著书《暹罗柬埔寨老挝诸王国旅行记》，大肆渲染，他说“此地庙宇之宏伟，远胜古希腊、罗马遗留给我们的一切，走出森森吴哥庙宇，重返人间，刹那间犹如从灿烂的文明堕入蛮荒”，这才使世人对吴哥刮目相看。