身在济南和邢台的冯国璋及曹锟在接到南京政府的最后通牒之后犹豫了，但是两人却在最后关头都没有按照北伐军的要求率部出城无条件投降，原因是他们自认为手上还有兵权，而且还有不少兵力，应该得到很到的待遇，而不是无条件投降，就连阎锡山这等墙头草都能够得到款待，他们为什么就要无条件投降？因此两人心里颇为不平衡，决心要与北伐军死战到底。通牒的时间到了之后，无论是蔡国栋还是张孝准都准备指挥部队分别向冯国璋和曹锟发起了最后的进攻。
9月19日，东西两个战场再次爆发大战，铺天盖地的炮火笼罩着两个战场，北伐军气势如虹，而北洋军则士气低迷，战斗意志不坚，这仗如何打得赢？不到两日工夫，冯国璋部和曹锟部则相继溃败，两人被裹入溃兵之中四处逃窜，北伐军随即挥兵追击，不久，两人先后被擒，北伐战争至此结束，北洋集团正式被扫入历史的尘埃之中。
随着冯国璋和曹锟被擒的消息传出之后，那些遗老遗少们彻底失望死心了，就连被软禁的袁世凯、徐世昌和段祺瑞也仿佛苍老了许多。
北洋政府覆灭之后，国家总不能一直没有政权，不能没有总统或元首处理国家大事，萧震雷这边还没有想着要重新组建政府的事情，反而是在京师的临时参议院的议员们开始想这问题，并且积极筹备起来。
现在谁都清楚，新总统非萧震雷莫属了，其他任何人都没有他有资格，就连孙文也不例外，孙文只是民党理事长，民党的党员虽然不少，可与其他政治势力相比也没有多少优势，这其中铁血党在各省的党员总和比民党都还要多，如果重新选举参议院议员，民党还不一定能够拼得过铁血党。虽然民党中人还有不少人掌握的兵权，但相比萧震雷的势力却差得太远。
9月22日，以张謇、严复等为首的立宪人士、以章太炎、蔡元培为首的光复会人士以及以伍廷芳等各政治势力的首脑人物同时向南京发来电报，请萧震雷北上京师出任临时大总统并商议组建新政府事宜。
萧震雷接到各方来电之后一一回复，称自己年少无知，资历尚浅，德才缺失，声望低微，尚不足以出任临时大总统一职，请诸公另选贤能。
萧震雷婉拒临时大总统一职的消息传扬开来之后，社会各界立即对萧震雷刮目相看，至少在很多人看来，萧震雷虽然少年得志，却是老成持重，很多在政治上经营多年的老家伙人都比不上他，而他现在又婉拒了临时大总统的职务，由此可见此人却不像某些人死死地盯着大总统那个职位，一时间社会各界诸多名流和闻人都对萧震雷好感上升。
可临时参议院那帮人却很清楚，新政府如果没有萧震雷在，如果新总统不是萧震雷，绝对会玩不转，首先就是没钱，再者没有有势力有兵权的人物坐镇，地方上没有谁会给中枢政府的面子，孙文虽然声望够高，但是从南京临时政府的成立和撤销这段时间内就可以看出孙文根本就玩不转总统的这个职位。
隔天，各方面又向萧震雷发来电报，再次邀请他北上京师出任临时大总统一职，并就新政府成立事宜与各界相商。萧震雷接到电报之后再次一一回复婉言拒绝了，并且向临时参议院推举孙文接任临时大总统一职。
萧震雷的这些电报发出去之后，参议院内的民党人士倒是不少同意由孙文接任临时大总统一职，但是参议院内的其他政治势力却都不同意，而且民党内部意见并不统一，有些人甚至怀疑宋教仁被刺一案与孙文不无关系，因此推举孙文为临时大总统的事情只能作罢。
这时参议院内有议员说萧震雷之所以不愿意出任临时大总统一职，是不是因为他不愿意把首都设在京师，而是要设在南京呢？众人闻言一想还真有这个可能，于是参议院众人各势力代表们又纷纷向南京发电，表示参议院愿意将首都设在南京，萧震雷可以就在南京宣誓就职上任。
已经连续三次邀请了，萧震雷感觉应该够了，再这样干下去就可能会被人说成矫情，于是回电表示受各方抬爱，盛情难却，勉力接受临时大总统一职，并且表示首都依然设在京师，自己不日即将北上赴任。
萧震雷接受邀请即将北上赴任临时大总统一职的消息经过新闻媒体的消息传出之后，顿时各地欢腾，特别是华东四省和已经被光复的湖北、陕西、山西、河北、河南、山东等地各界代表都对萧震雷表示拥戴。
25日，萧震雷召集总督府高层和铁血党高层开会，商议北上就职事宜，会议决定宋世杰暂时任南京留守，处理华东四省和新光复各省事务，其他人随他前往京师组建总统府和筹备新政府事宜。
29日，萧震雷携总督府大部分人马乘坐火车北上，于两日后抵达京师。
9月31日上午，十几辆插着国旗的小汽车在数十辆满载士兵的军用卡车的保护下正向永定门驶来，永定门外的道路两侧长满了人群，这些都是自发前来迎接的京师居民，站在永定门前的有西路军司令官蔡锷、22师师长姚成年、参谋长邓家铭、熊克武、刘存厚、许崇智、李根源、21师师长刘之洁，23师师长朱熙，另外还有临时参议院议长林森、张謇、严复、康有为、梁启超、章太炎、蔡元培、汤化龙、伍廷芳等诸多各方代表，除此之外还有各国驻京师公使，例如英国驻华特命全权公使朱尔典、法国驻华