5月17日，联军高层召开军事会议，参谋长蒋百里主持会议，萧震雷作为总司令，孙文作为民党理事长，徐绍桢和黄兴作为中西两路大军的总指挥官和副总指挥官都有参加。除了各省都督之外，还有蔡国栋、张孝准、安徽都督柏文蔚也都有参加。
会议刚开始，蒋百里作为北伐军参谋长就开始部署作战兵力，按照事先与萧震雷和蔡锷等人商量好的，蒋百里将参谋部的战略部署计划详细说了一遍，接着又道：“袁世凯在中线和西线的兵力不多，他的北洋军主力主要都在东线，湖北黎元洪在去年将全省军队八个师整编成了三个师，这三个师的兵力基本满员，武器也不差，张孝淮率华东第三军和湘军43师负责进攻黎元洪的鄂军，江防舰队将会配合你们进攻，对了，谭都督，你们湘军43师师长是谁？”
谭延闿道：“是陈复初！”
萧震雷问道：“陈复初是谁？何许人也？”
在坐的黄兴连忙道：“陈复初我知道，此人原来是是湘军第四十九标标统，武昌起义之后率部赶来参加战斗，曾在我的指挥下坚守汉阳，与北洋军激战月余，挫败过北洋军，荣立战功，当时他亦身负重伤！”
蔡锷也道：“我与他就旧，此人我熟悉，他治军严谨，不念私情，去年他的司令部移师沅陵。是时，鸦片烟毒已成沅陵一大公害，陈复初先行规劝，再行令禁止，并重惩开馆贩毒者。有一个叫王清源的人是陈复初姑表兄弟，因开馆贩毒被捉拿下狱，陈母及亲友为之求情，陈复初对亲友晓以大义，仍将王处决！”
萧震雷闻言点头道：“好，此人要得，现如今很多地方军队长官都在从事鸦片生意，他不但不做，还下令禁止，可见并不是一个贪财之人，能在克强将军的指挥下与北洋军周旋月余，可见也不是一个贪生怕死的人，就是他了！”
谭延闿见萧震雷夸赞他的手下将领，心中格外高兴，感觉倍有面子，笑道：“总司令如此抬举他，我先代他谢过，既然总司令看中他，那就由他率43师归在张将军麾下！”
蒋百里又道：“好，中线战场就这么定了，那么西线战场由川军一个师、滇军一个师、粤军一个师组成，司令官由蔡松坡当任，诸位有没有意见？”
孙文、黄兴等人都在，胡汉民就首先表态道：“松坡将军乃知兵之人，以都督身份指挥一路大军绰绰有余，足够服众，我同意，我们粤军将派出34师归于松坡将军麾下，师长由副都督许崇智当任！”
四川副都督张培爵也不甘落后道：“蔡将军的军事才能我是佩服的，我们川军也同意由蔡将军当任西线战场指挥官，并派出两个师参加作战！”
众人闻言一惊，两个师？不是说好了派一个师吗？张陪爵怎么改口成了两个师？萧震雷在众人的疑惑中问道：“张都督，你说派两个师？不知道是哪两个师？这两个师都由谁指挥？”
张培爵道：“不错，来之前我已经与尹都督进行过电报联系，他所此次北伐关乎国运，既然要北伐就要彻底一点，我们川军就必须要出全力，我们将派出41师和42师参加，41师师长熊克武，想必在做不少人是认识他的，42师师长刘存厚，早年也是日本陆军士官学校毕业的，也是一个知兵之人！”
众人闻言不由都点点头，不过萧震雷皱眉道：“熊克武并非军人出身吧？”
在场众人听得一愣，但很快反应过来，知道萧震雷在怀疑熊克武的军事指挥才能，黄兴连忙道：“总司令，熊克武虽然不是正规军人出身，但他指挥和参加过多次起义，指挥经验是不缺的，再说有蔡松坡指挥，我想他应该可以胜任吧？”
萧震雷摇头道：“我并非怀疑他的军事指挥才能，我和蔡国栋也并非是正规军军人出身，不一样指挥打仗？我是担心他能否坚决服从指挥，要知道我们这次是联合作战，最关键的在于指挥上能否统一，如果各行其是，不但不能增加战斗力，还会制约其他部队”。
这个理由一说出来让黄兴等人有些难办，毕竟谁都知道如果是正规军出身的人，从当兵第一天开始就被灌输服从军令的思想，可如果没有受过军事教育，在服从军令这方面的意识肯定会薄弱一些。
黄兴想了想咬牙道：“这个我可以担保，他是我们民党的人，我来跟他谈，如果在战时他不服从军令，蔡将军可以便宜行事！”
萧震雷扭头看向蔡锷问道：“松坡兄，你看呢？”
蔡锷沉吟片刻道：“既然克强将军担保，就这样定了吧！我们云南将派陆军39师参战，师长李根源，民党中人，毕业于日本振武学堂与士官学校，相信孙先生和克强将军对他都不陌生。”
孙文和黄兴闻言都点点头，孙文道：“由李根源当任师长，我们是放心的！”
蒋百里这时道：“好，既然如此，西线战场由蔡松坡指挥，下辖粤军许崇智部、滇军李根源部、川军刘存厚部和熊克武部，中线战场和西线战统一由徐绍桢老将军指挥，当任总指挥一职，蔡将军和张将军没有意见吧？”
蔡锷和张孝准两人同时站起来道：“坚决服从徐老将军指挥！”
喝了一口水之后，蒋百里又继续道：“最后我们来说一下东线战场，由蔡国栋将军任总指挥，同样分为两个部分，安徽部分由徐继祖将军当任指挥官，辖吴铁成的陆军26师和柏文蔚的皖军53师，苏北部分由伍世友将军任