季后赛中，马刺队在第一轮横扫了丹佛掘金队，4比2击败了洛杉矶湖人队，然后在与休斯敦火箭队进行了6场西部决赛后败下阵来。
1995－96：季后赛噩梦延续在1995－96赛季开始前，马刺队用丹尼斯-罗德曼从芝加哥公牛队交换来了中锋威尔-普度（willpedue）。尽管罗德曼的才能最终帮助公牛重新夺回了nba总冠军，但对于这次交易的希望依然有增无减。虽然罗德曼是个空前的篮板高手，但马刺队为了追求总冠军还是将他交易了出去。
这次交易在常规赛中得到了回报，马刺队不断地取得胜利。他们以59胜23负的成绩连续第二年拿下了中西部分区的第一，仅仅比他们打出最好成绩的前一个赛季少赢了3场。球队“化学反应”显著，而按照教练鲍勃-希尔（bobhill）的说法“这是我看过的最好的表现了”。
球员的才能也是同样非凡的。肖恩-埃利奥特和大卫-罗宾逊代表西部参加了全明星赛，同时后场组合维尼-德尔尼格罗和埃弗里-约翰逊也进入了联盟助攻与失误比排行榜的前列。他们还在2月份从纽约得到了查尔斯-史密斯（contys），进一步补充了他们的前场阵容。在3月份，球队取得了16战全胜的完美战绩，这也追平了1971－72年洛杉矶湖人队创造的nba历史最佳月度战绩。
季后赛首轮，马刺在同菲尼克斯的比赛中连下三城淘汰对手。在第二轮中，马刺队和犹他爵士队大战六场，但同94年的结果如出一辙，马刺队再次被对方淘汰。
1996－97：伤病击倒马刺/天降邓肯1996－97赛季对于圣安东尼奥马刺队来说是历史上最让人失望的赛季之一，但从后来的情况来看，这反而是个最好的结果。尽管马刺队缺少了受伤的大卫-罗宾逊，仅仅取得了20场胜利，同时自1988—89赛季以来首次缺席季后赛，但他们在1997年的选秀抽签中得到了一笔财富，头号选秀权降临到马刺队的头上，这个状元签给他们带来了具有超级球星潜质的蒂姆-邓肯。
马刺队中伤兵满营，而其中对球队来说最糟糕的是罗宾逊的受伤，他一开始遭遇背部伤势困扰而随后又脚部骨折。这名上赛季mvp仅仅出场6次。查克-波森则要更加倒霉，他由于背部手术而错过了整个赛季。查尔斯-史密斯由于右膝的关节炎错过了65场比赛，而肖恩-埃利奥特由于右膝的腱炎而缺席43场。失去了这4名球员，而且他们都是1995－96赛季球队中得分前6的球员，也创造了nba历史上赛季胜场减少最多的纪录，他们从59场胜利下降到了仅仅20场。
主教练鲍勃-希尔在3胜15负的开局后引咎辞职，而接替他的原总经理格雷格-*维奇（geggpopovich）在他担任nba主教练的第一个赛季中仅仅取得了17胜47负的成绩。
整个1996－97赛季的痛苦经历在5月18日一散而空，在那一天马刺队赢得了1997年nba选秀的头号选秀权。这给了他们选择来自维克森林大学的具有统治力的明星邓肯的权力。在拥有了由罗宾逊和邓肯组成的强大的前场组合后，圣安东尼奥期望他们能在1997－98赛季中再一次回到冠军争夺者的行列中去。