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司马亮议论奖赏诛戮杨骏的过失差错，本想以此博取众人欢心，却因此大失众人所望。
当时，晋武帝第五子楚王司马玮有功勋却好立声威，司马亮惧怕他，想夺他的兵权，司马玮因此愤恨他，同年(291年)，司马玮勾搭皇后贾南风，贾南风出旨，诬告司马亮与卫瓘有废太子的图谋，托诏令派长史公孙宏与积弩将军李肇用军队在夜间把司马亮包围起来。
帐下督李龙告诉他说外面有事变，请求抵御，司马亮不听从。
一会儿楚王司马玮的军队登墙呼叫，司马亮吃惊地说，“我对朝廷没有二心（但是你对皇后有二心呐），为何到这个地步？如果有诏书，可以给我看一下吗？”
公孙宏等不同意，督促士兵进攻。
长史刘准对司马亮说，“看此情形一定是奸人的计谋，你府中的俊杰之士如林，尚且可以尽力抵抗。”
司马亮又不同意，于是被李肇捉住，司马亮叹息道，“我的忠心可以剖开来遍示天下，你们为什么如此无道，枉杀无罪之人呢？”
当时天气十分炎热，士兵让司马亮坐在车下，时人可怜他，替他打扇子。将到中午，没有人敢杀。
司马玮下命令说，“能够杀司马亮的人，赏他一千匹布。”
于是被乱兵所杀，扔在北门的墙壁下，头发耳朵鼻子都被毁坏。这是几处他最为俊美的地方，可能毁他这几处，是受贾南风的指使。
事后，贾南风又否认她曾经颁过逮捕司马亮的诏书，不知她当时是怎么搪塞过去的，最后，弄了一个司马玮“矫诏”行事被诛杀。
朝廷追赠恢复司马亮的爵位，供给他东园的温明祭器和棺材，朝服一袭，钱三百万，布绢三百匹，丧葬之礼如同过去的安平献王司马孚一样，庙内陈设钟磬之乐。