自从万历二十一年癸巳京察开始，东林就开始利用京察清洗异己。当时吏部考功司的郎中东林元老赵南星竟然公开宣称：“内察之典，六年一举，君子疾邪，小人报怨，皆于此时。以言者之意，就当俎者之意，如诗之断章，各取所求。”
东林初掌大权，就如此做派，党同伐异，血洗朝廷，当然要自食其果。
丁巳察典，部院大臣之秉成者，郑继之、李志也。”郑继之是当时的吏部尚书，而李志则是刑部尚书兼署都察院事。此外主察者尚有考功司郎中赵士谔、吏科署科事左给事中徐绍吉、掌河南道印御史韩浚。
吏部尚书郑继之，文秉称：“郑继之楚人也，时楚方与浙、齐合，故掖县（赵焕）去，而特拥戴郑继其位，郑之烈焰较掖县更为甚矣。”
而另一位掌主察者，河南道掌印御史韩浚，则被归为“齐党”。由于两位主察之大吏，均有鲜明的党派背景，因此京察还未开始，门户互持的态势，就已十分明显了。
结果当然是不问可知，自兵部尚书王象乾以下众多官员受到调查，太常寺少卿丁启浚、礼部署部事右侍郎孙慎行等东林要人都被处分或逼走。东林党几乎被从朝中一扫而空。
然而由于劾及浙党的一些干将，齐党、浙党之间也是渐行渐远。齐党的行为，过于露骨，引发许多中立人士的反感，使得自己逐步被孤立，为东林用汪文言策反攻创造了条件。
在这一系列残酷党争中，方从哲居首辅，仍然欲调和双方。如会推阁员的风波中，三党内讧，左光斗等东林与楚党结盟反攻齐党，两方的互讦，均归责于方从哲。
当此关键时刻，从哲仍然奏辨：“愿诸臣各捐成心，共扶公道，乞将前后奏章，勑下部院，虚心详勘，分别是非。”
方从哲虽然一直居中秉公，端平行事但从哲因与亓诗教的密切关联，立场逐渐已受到了大家的公开质疑。
不过考虑到方从哲的性格和当时他权威的低下，他也未必能够阻止党争的发展，这也是皇室长期的削减相权，以小制大的反噬。
方从哲也知道，随着执政联盟的三党联盟的崩溃，东林党上台势不可挡，四大阁臣，楚党刘一燝，处事尚可，但这韩爌野心勃勃，叶向高资格比他还老，威望也足，他执政的日子屈指可数，这方从哲一直在几个鸡蛋上跳舞，现在终于被十六岁的康熙皇帝陛下朱由校逼得他退无可退。
方从哲只好道：“郑妃虽跋扈，屡生事端，但毕竞是神宗贵妃，福王之母，宗室一脉，还请皇上法外开恩。”他性格注定屈服大势，追随强权，无宁为玉碎，不为瓦全的决心。
朱由校道：“朕自有分寸，定不会无故处置皇室成员。”
如果是有故，可就不能怪他朱由校心狠手辣了，他们父子几十年的阴影，不报仇难消心头之恨，如果失败的是他们，以郑氏的跋扈，他们必无立足之地。
朱由校他们几个人交换了一下眼色，有了方从哲这首辅的支持，他们成事的可能性大大增加了。
这王安一开始是有顾虑的道：“查无实据的事，轻启开端，恐引皇室阋墙。”
朱由校道：“郑妃福王野心勃勃，向有问鼎之志，万历四十年朝争，肇始于此，今又有梃击、红丸之案，疑点重重，郑氏福王岂能置身事外？郑氏福王纵是无罪，也是活罪难逃，神宗超格赏赐，必须追回，以平内帑不足。”
这才是朱由校和米柱的真正目的，真相或许己淹没于时间，不可追究，但这郑氏和福王的活罪是要治的，他获得的赏赐之多，是太子的数倍，不招人嫉恨才怪。
不当家不知柴米油盐贵，这大臣们但凡有事，就请诣开内帑，边军响银不足，开内帑；内地饥荒，开内帑；水灾旱灾，皆开内帑，官员有事无事都喜欢让皇帝开内帑，仿佛是他们请诣的就是悲天悯民，忧国爱国的道德君子，而皇帝不开，则是贪财小气的昏君了。
万历皇帝是一个精明人，是不吃这一套的，国家开支有国库，关他内帑毛事，要他下诣开内帑，这是不可能的，所以获得了一个铁公鸡皇帝的外号。
这个朱常洛登位，那里有他老子这种道行手段？被官员的一忽悠，便下诣拔190万两白银补边军响银，群臣们人人称颂，称之为贤君明君，但这请诣开内帑之风愈烈矣。
连泰昌帝的定陵的装修费用，都由内帑支银150万两支付。
朱由校：“这是国葬呀！大行皇帝是大明皇帝，皇帝寝陵不是由国库支银修建吗？”
四大阁老，六部大臣意见一致：“天下都是皇家的，国库支和内帑支又有何分别？况自神宗起，这皇帝寝陵、皇宫修建，全由内帑支。”
这个历代皇帝，登基后即修皇陵，由户部国库拔银，逐年修建，这个万历皇帝敛财有术，往天下州府广派税监和矿监，捞了不少银子，在国家支出上，他一毛不拔，但在这自己的皇陵和皇宫的修建上，他是发内帑，自己出银子了。
这并不是他高风亮节，而是群臣一再劝他节俭，降低、削减这皇陵和宫室的规格，这个老奸巨滑的万历无奈，只好自掏腰包，这是为了维持皇室的体面。
万历皇帝有两方面比较愿意花银子，一是皇陵和皇宫多修建。二是对皇子朱常洵的打赏。
万历自觉便宜了长子朱常洛，就委屈了三子朱常洵。于是册封朱常洵为福王，并且为了弥补未立朱常洵为