三上村长带大家去一间废弃的仓库，参观破破烂烂的幽灵船龙神号。三上还没有来得及介绍，上原康夫就直接通过船梯走上去，“我自己到处看看，还比较快。”千钧和柯南等人也走到船身附近观察，柯南看着船底，“这艘船已经沉没在海底好几年了，但是除了船底外，都没有长出铁锈。”千寻对船只很有研究，点头，“是有些奇怪，除非这船被密封在某个地方……”小五郎冷笑，“笨蛋，就是因为这样才叫幽灵船啊！”大家都摇头，“未免太不科学了！”
千钧突然感觉有人在远处偷窥，回头向远处望去。在高处，有个猥亵男子正拿着望远镜观察他们。此人是敷岛灯塔职员，名叫浜田幸二，42岁。千寻和晓月很快就从渔民嘴里，知道了这个人的基本情况。等到了吃饭时间，三上村长准备了丰盛的晚宴招待毛利一行人，还拿出了一瓶酒，“来吧，毛利先生，距离演讲还有一点点的时间。我们来……”小五郎大喜，递过杯子，“那就谢谢你了。”随后，毛利开始畅饮，称赞这酒不错。
小兰、晓月、千寻对着丰盛的菜肴评头论足，称赞着菜很好吃。千钧和柯南抓紧时间消灭美味的食物。蒸土壶受到了3个女孩的一致好评，柯南也深有同感。蒸土壶又叫土瓶蒸，常以泥土而制的茶壶茶碗盛装，称为“土瓶”；又因为蒸制而出，谓为“土瓶蒸”。跟中国南方的瓦罐蒸汤一样道理，都是小盅慢蒸，完全释放出汤中食材的味道。日式土瓶蒸属于清汤类，主要以鱼类、贝类为主料，汤味清淡，又极富营养。
三上武男突然开口，“毛利先生，在演讲完后，我有些事情，要借你的智慧一用。”小五郎有些微醉，脑子还很清楚，“你想让我帮你找到龙神号的沉没地点，对不对？”三上村长抚额大笑，“果然是名侦探，依我看，龙神号就沉没在敷岛周围，只要知道那个地点的话，那些失踪的金块一定能找到。”毛利侦探提醒，“那些金块就算找到了，应该也不归你所有。因为那些无主之物，会被收归国有的。”村长也知道这点，按照国家法律规定，找回的金块可以给村子一成，“所以这件事情就拜托你了，毛利先生！”
小五郎摇头，“不行，我拒绝！我是名侦探，怎么可以做这种寻宝工作！”千钧和柯南都是一愣，“大叔这次难得这么有骨气啊！”三上村长露出狐狸般的笑容，“如果您的报酬是这个小岛获利的十分之一，那怎么样？”毛利立即改变了态度，“我十分乐意，来，干杯！”三上村长松了口气，“这样就太感谢了，那就拜托了！”柯南无语了，大叔还是没有变啊，小兰她们也都摇头。三上村长让木下五郎详细解释一下具体情况。
7年前的一个台风夜，在距离小岛1公里的海岸上，龙神号因为船身出了问题，不断发出求救信号，但就在村民们出海救援时，求救信号突然中断了。第二天早上，在海岸边发现了船主的遗体。木下五郎叹气，“就这样，不要说什么金块了，我们连一个漂流物都没有发现。”毛利侦探询问金块的主人是谁？木下说就是那位死去的船主。船主因为逃税，眼看就要被逮捕，就把所有财产换成了金块。那个台风夜，他本来计划逃到国外的。小五郎弄明白了事情的原委，大包大揽，“我知道了，没问题。我名侦探毛利小五郎一定会把金块找出来的。”三上村长十分高兴，“那就请毛利先生多帮忙了。”
大叔准备到村民公馆去演讲，晓月和千寻去外面欣赏海岛风景，顺便写生。柯南和千钧来到公馆外，千钧感觉到岛的另一侧有强大的金系力量波动，让他非常好奇。柯南有些担心，“大叔演讲会不会有问题？弄到最后，不会让我们一起丢脸吧？”千钧笑道，“放心吧，大叔破案子不行，演讲绝对没问题。他的口才你应该知道的。”柯南却发现公馆后面挂着牌子，上面写着水军资料馆。二人推门进来，里面没人，都是些海军用的旧东西，比如船体模型，锚之类的物品。中央有一具坐立式的盔甲，柯南判断出是将军的盔甲。
木下五郎突然出现，柯南假装可爱，“这里有好多奇奇怪怪的东西啊！”木下五郎说这些都是敷岛宝贵的文化遗产，他指着一幅海战图，说起当年的历史。大约在400多年前，在一场战斗中败北的水军，逃到这个小岛上来。但是岛上的居民，却因为敌军悬赏重金要他们的首级而迷昏了双眼，对受伤的水军进行了攻击。木下指着最后的洞穴激战图，“他们最后逃到小岛侧面的这个洞穴里，但最终依然是全军覆没。从那以后岛上就接连有不祥的事情发生……”柯南有点明白了，“因为水军作祟吧！”木下点头，“所以我们在洞穴里安了神位，希望能安抚那些水军的灵魂。”
柯南好笑，“可这些都只是迷信吧！”木下摇头，“不，不全是。现在已经不完全是迷信了。”千寻和晓月也走进来，她们从村民那里，也得到了不少类似的消息。原来，在洞穴附近的森林里，有不少人看见穿着盔甲的水军幽灵出现，而且还有人听到水军洞穴里，不时传出叫人不寒而栗的哀嚎。木下五郎补充，在5年前，突然有一群研究水军的大学教授带着一群学生，来到敷岛做研究，他们没