当阿泰尔回到迈斯亚夫，他发现他的家乡不但已经被艾尔·慕瓦林所控制，而且他还用伊甸的苹果对所有村民进行了洗脑。刺客们被派遣去杀阿泰尔，此时，malik和未被控制的刺客及时到来并与阿泰尔共同作战，而malik还带来了他所发现的证据，此证据证明了阿泰尔所说的，之前艾尔·慕瓦林所说的都是谎言。因为艾尔·慕瓦林的谎言和阿泰尔的行动，alik去控制这失控的情况之时，阿泰尔独自走进迈斯亚夫的城堡，在这里等待他的只有艾尔·慕瓦林和他手中的苹果，这个背叛者解释苹果的能力是可以去控制其他人的内心，通过这个能力，人类能得到真正的和平。虽然阿泰尔可以抵挡部分苹果的影响，但他依然被迫与拥有苹果，并用其能力放出自己和之前已经被阿泰尔杀死的九个圣殿骑士的幻影的艾尔·慕瓦作战。阿泰尔击倒了所有的幻影，并最终杀死了艾尔·慕瓦林，在他临死前，艾尔·慕瓦林说阿泰尔不会去毁灭苹果，因为他的那高尚的心不会允许他这样做……
随着艾尔·慕瓦林的死亡，阿泰尔成为了兄弟会的新首领，指引着刺客与圣殿骑士继续对抗，他调查了圣殿骑士从阿卡到塞浦路斯的举动，并追寻着他们的新领导：ar。与此同时，阿泰尔开始书写日记（todex），以此记录他的经历和对伊甸苹果的研究——正如他导师临死前所说的，他并没有把苹果毁灭掉。在他追寻圣殿骑士的过程中，阿泰尔重遇因为robertdeariathorpe，她拒绝与阿泰尔合作，因此阿泰尔捉住了她并带她到了塞浦路斯的利马索尔，此时整个岛已经受到了bouc的控制，阿泰尔与刺客的盟友，本地抵抗组织的头目阿历山大会面。阿历山大非常欢喜地把maria关在利马索尔的抵港组织据点里，并帮助阿泰尔去搜索他认为圣殿骑士用于藏匿伊甸碎片的档案馆很不幸，这次搜索因为圣殿骑士攻击抵抗组织据点而中断，而那，但因为boucaria还是难逃牢狱之灾。阿泰尔成功地把aria解释，腐败令圣殿骑士失去了野心，正如自由的重要性过度限制了教团并使之无法得到和平——一切都会因此变得徒劳无功。紧接着他们到达凯里尼亚，阿泰尔开始寻找凯里尼亚抵抗组织首领的帮助，而组织的领导：baabas则要求阿泰尔去帮他暗杀商人jonas，一个被挂上背叛抵抗组织之名的人。而jonaolocaria被给逮捕。这时阿泰尔才意识到其实这个baabas是冒牌的，而且他还是圣殿骑士的间谍，真正的baabas早就在阿泰尔来到凯里尼亚前一天被处决。阿泰尔开始追击aria已经从守卫手中逃脱，伪装了的maria进入圣希拉里翁城堡，并质问的哥哥shahar，究竟何为骑士团真正的野心。得到答案的maria刚走，阿泰尔就到达城堡并与兄弟俩对决。顺利解决掉他们以后，阿泰尔反回利马索尔，发现整个城市都处于一片混乱，毫无秩序的抵抗军和猖獗的圣殿骑士士兵布满了整个城市，此外，bouc的间谍，那个在凯里尼亚扮演baabas的人带队开始攻击抵抗军，并用jonas的死让抵抗军去攻击阿泰尔——因为间谍知道了伊甸的苹果就在阿泰尔手上并希望将其夺走。然而得知骑士团想滥用苹果力量的真正意图后，的间谍，他们二人一起杀进地底档案室，在接下来的对抗中，bouc解释道其实圣殿骑士团已经开始把他们的资源从塞浦路斯转移走并以此保护它们不让刺客获得。在已经变得空空如也的档案室，阿泰尔战胜并杀死了boucaria顺利逃脱。在塞浦路斯的事件完结后，阿泰尔告诉投入更多的时间来研究伊甸苹果的秘密和宇宙的奥秘。maria则决定加入他的行列并最终变成了他的妻子。她给他生了孩子，而阿泰尔则把他剩余的一生全部奉献在苹果的学习上，使用那些他所发现的知识，阿泰尔发明了很多新科技和可以使刺客变得更强的新装备，例如毒刃和近乎无敌的铠甲。而借着苹果的力量他也窥看到遥远的过去——那次大灾难所导致的灭亡，而他的知识也推动他把他的手抄本变成指向那些“先知”的路标。作为刺客的首领，阿泰尔带来了各种的革新，抛弃了很多教团之前所用的仪式要素，这些举动标志着兄弟会的复兴并借此变成一个地下组织。随后，暴君成吉思汗崛起的声音传到了他耳边。相信成吉思汗有今天的霸业全因伊甸的碎片的阿泰尔，带着前往东方去阻止即将来临的危机。在这期间，阿泰尔让malik治理迈斯亚夫和兄弟会，并让他的小儿子alik身边，正当阿泰尔离开，abbas，那个阿泰尔以前的朋友但现在的敌人，杀死了他的小儿子并把责任推卸给malik，此举也令他变成了兄弟会的新首领，当阿泰尔回来。abbaalik并嫁祸于阿泰尔，这次事件最终在愤怒的阿泰尔用苹果的力量下结束，而这也意外地令maria身亡，悲痛欲绝的阿泰尔离开了迈斯亚夫，而abbas成功地夺得了兄弟会的控制权。直到了20年后阿泰尔的回归才把事情搬回正轨，此时，迈斯亚夫的刺客们热烈的期待着他们领导的归来，并帮助阿泰尔去除去abbas。再次执掌兄弟会的阿泰尔，