武神历一百零八年二月，失踪多时的萧清和柳澜突然重现在江湖上，随即建立起崇尚武神，宣称要恢复江湖秩序的天癛教，又称作“神教”。萧清为教主，自称“降世神君”，柳澜则任护法。在恢复江湖秩序的名义下，神教发展及其迅速，短短两个月其势力就超越了原来的江湖三派。
而迅速崛起的天癛教，令处于血战边缘的正魔两派暂时停止动作，转为观望。
六月，神教护法柳澜潜入正派腹地群雄城，盗走了正派视为镇派之宝的“天麟剑”，并嫁祸给邪派，勉强维持观望态度的邪派终于也被完全被搅入浑局。无奈之下的周讯只得做出承诺在一个月内寻回天麟剑，然而过了三月有余却依旧毫无头绪。为此赵玉函大为不满，若不是神教大敌当前，几乎就要带人杀上邪派雪漫山一探究竟。
八月，天癛教内大长老魏坤率领教众将魔教“藏锋坛”内弟子全数歼灭，并放出口风——魔教不仁，天癛教将取而代之。顿时引起江湖动荡。
而后天癛教突然以寻找失踪的镇教圣物“天印”为由，四处作乱，并准备于次年一月于神教圣地举行巡礼。与此同时，正、魔、邪三派首脑人物均在不同情况下被告知：神教所寻的“天印”根本不是神教圣物，实是一份记录昔年武神武功心法的秘笈。所谓于“龙口关”举行的圣地巡礼，当中的天神祭祀，实是一场惨绝人寰的活人祭，而圣地巡礼同时是为神教发给各地教众展开屠杀三派人士的信号，请速速防范。
事态以紧急至此，三派无奈之下只得暂时先抛弃成见，齐聚归乡谷商议如何对抗神教，以阻止三派即将发生的浩劫。
十月初，祖先曾辅助过武神一统江湖的叶家一族，由于传家家谱被传为“天印”，连同家仆在内的五十余人一夜间惨遭七位蒙面人灭门，仅年约四岁少主叶笙被正道中闻讯孤身赶来的青龙门门主庄烈所救。而据庄烈所描述，这群黑衣人均身穿天癛教服饰。以庄烈青龙门门主之武功尚在七人联手下受创，也只能将叶笙一人带出。截于目前为止，神教已制造血案二十七起，受到牵连的死亡人数总计更是多达千余人……
十月末，天癛教教主萧清与郑贤约战“川水之滨”。萧清以绝对优势击败郑贤后将郑贤杀害。知晓此事后的柯标大为震惊，在商讨中提出倾三派之力全力剿灭天癛教；正邪面对如此可怕的对手，终于决定放下之前恩怨奋力一搏。
经过三个月的策划与准备，武神历一百零九年的一月，在神教举行圣地巡礼当场，以三派早已安排在神教中的内线天道真君接应，由三派门主以及“天道真君”陆启、“傲天剑客”林傲天为首的当世五大绝顶高手，以及大批的三派成员，在龙口关中途处伏击萧清及天癝教教众。这一战中萧清显出惊人功力，以一敌五血战一日一夜，先后击杀陆启与林傲天。然而毕竟久战力竭，在重創周讯后终于露出空挡，被赵玉函与柯标联手击成重伤。此时掩护魏坤强行杀出包围的柳澜反身杀回，救下萧清后，手持天麟神剑率领教众继续与三派联盟血战。
经过一日两夜的血战后，联盟终于击溃天癛教。柳澜战死，萧清、魏坤去向不明，天癛教主力彻底瓦解。而三派付出的代价也极为惨重——陆启与林傲天战死，周讯重伤，赵玉函与柯标也先后受伤，甚至就连赵玉函的长子也在此战中身陨，联盟成员则折损近七成。至此赵玉函终于收回“天麟剑”，也明白自己错怪了周讯。
一月末，元气大伤的三派于归乡谷重聚，打算就今后的势力划分进行商议。不想周讯因伤势过重医治无效，亡于前往商议的路途中，无奈之下邪派临时推举此战中大放异彩的门内第二代年轻高手“霸天狂刀”孟轲暂代门主，前往归乡谷商议。
经过商议，三派签下了互不侵犯的协议，以图休养生息。经过势力划分后，正道占据了中原腹地大片繁荣地带，魔教选中西南方的山岳地区，而邪派则依旧居于正北方的贫瘠地带。三派势力范围互成犄角，彼此牵制。
同年二月，孟轲之女孟雪出生，成为逍遥派第一任郡主。知晓此事后的赵玉函亲自登门拜访，为自己刚满周岁的次子赵穆云提亲。孟轲思考良久，虽极不情愿但无奈当前邪派最为弱势，最终只得同意联姻。赵玉函大喜之中，便将自己的成名配剑“真皇”作为聘礼赠与孟轲，正邪两派结为同盟。只是孟轲爱妻得知此事后心神大为激荡，认为孟轲此举完全是将自己女儿送入火坑，加之产后体虚，竟沾染上了恶疾，并于数月后去世。孟轲心中深感悔恨，此生誓不再娶，对爱女孟雪更是视为掌上明珠，百般疼爱。
也正是因为联姻之事，引起魔教极大不满。魔教一向视邪派为分支，哪容得正邪两家结盟，柯标一怒之下断绝了与邪派的绝大多数来往，此后邪魔间的关系降至冰点。
自此三派纷争结束，却也留下了许多疑问——“天印”究竟为何物？萧清为何在短短数月内功力突飞猛进？被击败后又去向何处？柳澜为何要全力掩护魏坤逃亡？神教血祭的真相到底是什么？又是如何走漏了消息等等，以上疑问以皆已无法考证。至此江湖进入了表面上风平浪静的时期。
(本章完)