投入了李世民的幕府之中。他跟着李世民南征北战，屡建功勋，被封为全椒县子，受到了李世民完全的信任。武德九年（公元626年），
玄武门之变爆发了，在这之前，侯君集出谋划策，起了很大的推动作用，他跟随李世民进入玄武门，诛杀了李世民的兄弟李建成和李元吉。
不久，李渊退位为太上皇，李世民即位为唐太宗，侯君集被封为潞国公，赐邑千户，升为右卫大将军，而此时的李靖，
食邑才有五百户，可见当时在李世民的眼里，侯君集比李靖重要的多。贞观四年（公元630年），侯君集又升为兵部尚书，参议朝政。
贞观九年，他被任命为积石道行军总管，作为西海道行军大总管李靖的副手，讨伐吐谷浑。
五路大军直指吐谷浑，慕容伏允胆战心惊。他放火烧荒，尽毁草原，然后躲进沙漠，给唐军来个坚壁清野。侯君集主张穷追猛打，
不给敌人喘息之机。李靖采纳了侯君集的建议，唐军兵分两路，李靖、薛万均往北路，侯君集、李道宗往南路，对慕容伏允展开了钳形攻势。
侯君集部穿越2000多里的不毛之地，人靠喝马血维持体能，马靠啃冰雪延续生命，终于在乌海（今青海苦海）追上了吐谷浑军，
杀得吐谷浑人鬼哭狼嚎。唐军翻越积石山(今青海阿尼玛卿山)，在今天的新疆塔克拉玛干沙漠里全歼慕容伏允的吐谷浑军，慕容伏允走投无路，自缢身亡。
慕容伏允的儿子慕容顺也被唐军俘获，吐谷浑举国投降，唐军大获全胜，自此吐谷浑一举平定。
贞观十一年，侯君集被封为陈州刺史，改封为陈国公。明年，又拜为吏部尚书，进位光禄大夫。
侯君集以前根本不爱读书，进了李世民的秦王府后才拿起书本补习功课，他天资聪颖，竟然很快小有成就，
典选官员，制定考课，做得有条不紊，颇受时人赞美，出将入相，文武双全，正是大唐帝国官员的典型特征。
他一直走得很顺，少有挫折，心高气傲，耻居人下，就成了他一贯的心态。
连一向待人谦和的李道宗都看不惯他，认为他不是善类，早晚必为反贼。
侯君集如此狂傲，当然有他狂傲的资本，那就是他独担重任、平灭高昌国的赫赫战功。
高昌国是个与今天的伊拉克差不多大小的国家，位于中亚地区的咽喉地带，东面是强大的唐王朝，西面是西突阙这样凶悍的游牧民族，在强国的虎视眈眈之下，高昌国就有了墙头草的特征，
在大国的缝隙之中谋求生存，于是，高昌国摇摆不定的举动就被大唐帝国视为对国家威严的挑衅。
高昌国王鞠文泰本来对大唐颇为恭敬，经常贡献一些奇珍异宝，贞观四年，鞠文泰亲自入朝晋见唐太宗，得到了丰厚的赏赐，鞠文泰的妻子还被册封为常乐公主。
来回的路上，见到大唐的西部地区因久经战争而城邑空虚、人民稀少，心里涌起了轻视唐朝的念头，
于是悍然与西突厥勾结在一起，做出了几件让人侧目的事情。他扣押了不少路经高昌的西域商人和贡使，不许他们前往大唐。又和西突厥联合出击，
攻打唐朝的西域属国伊吾和焉耆，连下焉耆数城。焉耆王派使者向大唐求救，
唐太宗的忍耐终于达到了极限。贞观十四年，李世民任命侯君集为交河道行军大总管，率领薛万均、契苾何力等将领直奔高昌而去。
鞠文泰之所以胆大妄为，是因为他料定唐朝不会真的出兵，就算真的出兵，如果是三万人以上，绵延二千里的荒漠之地，
后勤绝对无法保障，如果是三万人以下，以高昌国的兵力足以抵挡，加之唐军远道而来，疲惫不堪，高昌军以逸待劳，应该不落下风。
可是，事实给了鞠文泰无情的一击，唐军风驰电掣，浩浩荡荡，已经逼近了高昌国。鞠文泰顿时六神无主，急火攻心，竟然活活吓死，鞠文泰的儿子鞠智盛即位为新的高昌王。
侯君集的数万兵马已经到达柳谷，听说鞠文泰这几天就要下葬，军中议论纷纷。
有人主张趁机偷袭，侯君集没有同意，“大唐皇帝因为高昌傲慢无礼，才兴问罪之师，如果我们趁人发丧，偷袭敌人，非大国雄师所当为”，于是，唐军鼓行而前，从容进军。
等鞠文泰丧礼已毕，唐军开始攻城了。抛石车和冲城车轮番作业，巨石象冰雹一样飞向城墙，城墙上的高昌守军被砸得血肉模糊，
冲城车猛烈撞击城墙，一下，二下，三下，城墙出现了缺口，缺口越来越大，唐军并不急于入城，只是一下又一下的撞击，让高昌人胆战心惊。
尽管高昌城坚墙厚，也无法阻挡唐军进军的步伐，唐军攻城掠地，俘获高昌男女七千多口，长驱直入，将高昌都城团团围住。鞠智盛惶惑无计，
赶紧写信给侯君集，“得罪大唐天子的人是先王，现在他已不在人世，智盛刚刚即位，不知个中情由，希望尚书哀怜”，侯君集的问答是，
“想要避祸，马上投降”。鞠智盛左右为难，犹豫不决，侯君集不再迟疑