这个时候，有人建议李建成占据长安，背叛李渊，也有人建议李建成单枪匹马的到仁智宫，向李渊请罪。想了想，李建成选择了第二个方案，在走到离仁智宫六十里路的地方，李建成将随从部属全部留了下来，只带了十几个骑兵卫士前往仁智宫。
看见李渊愤怒的眼神，李建成知道解释是没有用了，跪在地上，拼命的磕头，一个、两个、三个……到后来李建成自己也磕懵了，不知道自己磕了多少个，而且李建成知道什么时候磕头都可以偷懒，就这个时候不能偷懒，拼劲全力的去磕，额头上鲜血横流，这似乎对李渊也没有起多大的作用。
当天晚上，李渊把李建成软禁在帷帐中，只供以粗茶淡饭充饥，保住性命而已，命人严密看守，又派司农卿（农林部长）宇文融急往庆州，召唤杨文干。
宇文融一到庆州，杨文干就反了（之前还没反）。李渊命令李世民去平叛，并且向李世民承诺回来后立他为皇太子。现在李建成不行了，李元吉很紧张，要是大哥这么废了，我的皇帝也就当不成了，不行，得帮大哥一把。
在李元吉的动员下，张婕妤等小老婆们不断的对李渊说李建成的好话，什么孝顺，什么仁厚，是陛下最优秀的儿子，太子以后当皇帝一定是位明君，身上有的优点说了一遍，身上没有的优点也说了一遍，总之不能杀了太子。宰相封德彝也帮着李建成说话，三人成虎，渐渐的李渊气削了一大半。
李世民解决了杨文干，也杀死了宇文融，在班师的路上做着当太子的美梦。回到长安后，李渊压根就没提这码事，就跟什么都没发生过一样，李建成依旧当太子，李世民还是他的秦王。李渊只是找了几个背黑锅的小人物处理了一下，东宫王珪、韦挺、天策府杜淹等人被流放。
以上就是史书上记载的杨文干事件的始末，似乎这一切都是李建成的错。无理取闹造反者，是李建成；不守承诺者。是李渊；受委屈者，是李世民。
然而仔细把这个事件捋一遍，会发现很多的漏洞。首先杨文干在庆州造反，李建成能得到什么好处，答案是什么好处都得不到。因为杨文干是李建成的人，即使李建成不参与这件事都会受到牵连，李建成不会傻到冒这么大的风险做一件对自己完全没有好处的事情。其次，在处理这件事情的时候。
李渊以兄弟不合的罪名将王珪、韦挺、杜淹等人流放。王珪和韦挺都是东宫李建成的人，因为李建成犯的事，他们替主子背过，也还说的过去，但是杜淹却是李世民的人。
杜淹是杜如晦的叔叔，因为久久没有升官，打算投奔李建成。房玄龄知道杜淹足智多谋，狡猾奸诈，害怕杜淹在李建成那里对李世民不利，于是就把杜淹推荐给了李世民。李建成犯了谋反罪，为什么反而李世民的人受惩罚？答案只有一个，李世民和这个事件有着不可脱离的关系，这个事件远远没有史书上写的那么简单。
该有多大的关系，能让属下被流放，李世民也只得不言不吭呢？因为这一切都是他背后操纵的，李建成只是让尔朱焕、桥公山送铠甲给杨文干。并没有让杨文干造反，然而尔朱焕、桥公山被李世民所收买，反过来告了李建成的一个黑状。
李世民最理想的目标，就是李建成在得知被告造反后。狗急跳墙，占据长安城，真正的反叛，那样李世民就可以名正言顺的率兵讨伐。但是李建成没有进入李世民的圈套，他知道去见李渊自己或许还有活着的希望，要是据城造反。那就只能是死路一条。
李世民一计不成，又生一计，当李渊命令宇文融召唤杨文干时，李世民又收买了宇文融，这也是为什么宇文融到了庆州，杨文干才造反的原因。李世民搞不死李建成，但还是想利用杨文干造反的机会，自己可以从中获得更大的利益。下面我们分析一下李渊召见李世民商讨对策时的对话，就可以窥见一二了。
李渊首先发问：“杨文干造反了？”言外之意，要不你去平叛。李世民说：“杨文干不过是一个跳梁小丑，不足为虑，派一个大将就可以将其擒杀。”
意思是我不去，爱找谁找谁，没有条件是不行的。李渊一听，太了解这个儿子，准是在谈条件，现在情况紧急，没时间啰嗦，忙说：“这件事事关建成，牵连甚众，影响太大，别人怕是搞不定，只有你亲自走一趟。”
没等李世民表态，李渊接着说出了关键的话：“回来后立你为太子，我不能效法杨坚杀死自己的儿子，改封建成为蜀王，蜀地贫瘠，士兵体弱，容易对付，他要是侍奉你，就留他一条命，要是不能侍奉你，再杀他也不迟。”
可以想象的到，李渊说这句话的时候，脸上是何种落寞的表情，这就是帝王的悲哀，但是令李渊没有想到的是，更大的悲哀还在后面。这正是李世民想要的，也是李世民能通过杨文干造反获得的最大好处。
李建成这哪里是父子间的对话，分明是一场赤裸裸的政治交易。那个时候李渊已经对李建成完全死心了，所以有了改立李世民当太子的想法，但是后来经过封德彝的劝说，李渊明白了这其中的奥妙。
封德彝说：“如果太子真的造反的话，还怎么敢只身前来见陛下？杨文干造反，太子又能从中得到什么好处呢？”最后说出了非常关键的一句话：“秦王功大，早有了夺取太子之位的野心，陛下不能不