洪武九年汰平章政事、参知政事。十三年正月，诛丞相胡惟庸，遂罢中书省。其官属尽革，惟存中书舍人。九月，置四辅官，以儒士王本等为之。置四辅官，告太庙，以王本、杜佑、袭斅为春官，杜斅、赵民望、吴源为夏官，兼太子宾客。秋、冬官缺，以本等摄之。一月内分司上中下三旬。位列公、侯、都督之次。寻亦罢。十五年，仿宋制，置华盖殿、武英殿、文渊阁、东阁诸大学士，礼部尚书邵质为华盖，检讨吴伯宗为武英，翰林学士宋讷为文渊，典籍吴沉为东阁。又置文华殿大学士，征耆儒鲍恂、余诠、张长年等为之，以辅导太子。秩皆正五品。二十八年敕谕群臣：“国家罢丞相，设府、部、院、寺以分理庶务，立法至为详善。以后嗣君，其毋得议置丞相。臣下有奏请设立者，论以极刑。”当是时，以翰林、春坊详看诸司奏启，兼司平驳。大学士特侍左右，备顾问而已。建文中，改大学士为学士。悉罢诸大学士，各设学士一人。又改谨身殿为正心殿，设正心殿学士。成祖即位，特简解缙、胡广、杨荣等直文渊阁，参预机务。阁臣之预务自此始。然其时，入内阁者皆编、检、讲读之官，不置官属，不得专制诸司。诸司奏事，亦不得相关白。
仁宗以杨士奇、杨荣东宫旧臣，升士奇为礼部侍郎兼华盖殿大学士，荣为太常卿兼谨身殿大学士，谨身殿大学士，仁宗始置，阁职渐崇。其后士奇、荣等皆迁尚书职，虽居内阁，官必以尚书为尊。景泰中，王文始以左都御史。自后，诰敕房、制敕房俱设中书舍人，六部承奉意旨，靡所不领，而阁权益重。世宗时，三殿成，改华盖为中极，谨身为建极，阁衔因之。嘉靖以后，朝位班次，俱列六部之上。
吏部。尚书一人，正二品左、右侍郎各一人。正三品其属，司务厅，司务二人，从九品文选、验封、稽勋、考功四清吏司，各郎中一人，正五品员外郎一人，从五品主事一人，正六品。洪武三十一年增设文选司主事一人。正统十一年增设考功司主事一人。
尚书，掌天下官吏选授、封勋、考课之政令，以甄别人才，赞天子治。盖古冢宰之职，视五部为特重。侍郎为之贰。
司务，掌催督、稽缓、勾销、簿书。明初，设主事、司务各四人，为首领官，有主事印。洪武二十九年改主事为司官，裁司务二人。各部并同。
文选，掌官吏班秩迁升、改调之事，以赞尚书。凡文官之品九，品有正从，为级一十八。不及九品曰未入流。凡选，每岁有大选，有急选，有远方选，有岁贡就教选，间有拣选，有举人乞恩选。选人或登资簿，厘其流品，平其铨注，而序迁之。凡升必考满，若员缺当补，不待考满，曰推升。类推上一人，单推上二人。三品以上，九卿及佥都御史、祭酒，廷推上二人或三人。内阁，吏、兵二部尚书，廷推上二人。凡王官不外调，王姻不内除，大臣之族不得任科道，僚属同族则以下避上。外官才地不相宜，则酌其繁简互换之。有传升、乞升者，并得执奏。以署职、试职、实授奠年资，以开设、裁并、兼摄适繁简，以荐举、起废、征召振幽滞，以带俸、添注寄恩冗，以降调、除名驭罪过，以官程督吏治，以宁假悉人情。
验封，掌封爵、袭廕、褒赠、吏算之事，以赞尚书。凡爵非社稷军功不得封，封号非特旨不得与。或世或不世，皆给诰券。衍圣公及戚里恩泽封，不给券。凡券，左右各一，左藏内府，右给功臣之家。袭封则征其诰券，稽其功过，核其宗支，以第其世流降除之等。土官则勘其应袭与否，移文选司注拟。宣慰、宣抚、安抚、长官诸司领士兵者，则隶兵部。凡廕叙，明初，自一品至七品，皆得廕一子以世其禄。洪武十六年，定职官子孙廕叙。正一品子，正五品用。从一品子，从五品用。正二品子，正六品用。从二品子，从六品用。正三品子，正七品用。从三品子，从七品用。正四品子，正八品用。从四品子，从八品用。正五品子，正九品用。从五品子，从九品用。正六品子，于未入流上等职内叙用。从六品子，于未入流中等职内叙用。正从七品子，于未入流下等职内叙用。后乃渐为限制，京官三品以上，考满著绩，始廕一子曰官生，其出自特恩者曰恩生。凡封赠，公、侯、伯之追封，皆递进一等。三品以上政绩显异及死谏、死节、阵亡者，皆得赠官。其见任则初授散阶，京官满一考，及外官满一考而以最闻者，皆给本身诰敕。七品以上皆得推恩其先。五品以上授诰命，六品以下授敕命。一品，三代四轴。二品、三品，二代三轴。四品、五品、六品、七品，一代二轴。八品以下流内官，本身一轴。一品轴以玉，二品轴以犀，三品、四品轴以鋈金，五品以下轴以角。曾祖、祖、父皆如其子孙官。公、侯、伯视一品。外内命妇视夫若子之品。生曰封，死曰赠。若先有罪谴则停给。文之散阶四十有二，以历考为差。正一品，初授特进荣禄大夫，升授特进光禄大夫。从一品，初授荣禄大夫，升授光禄大夫。正二品，初授资善大夫，升授资政大夫，加授资德大夫。从二品