叛军此时已在严冬中坚持了三天，疲惫不堪，士气消沉。在听到广播、拾到传单后，纷纷脱离了叛军，返回原部队。策动叛乱的军官见大势已去，也未加以阻拦。这些军官随后被戒严部队拘捕，集中到陆军省大院。关押他们的统制派的军官冈村宁次预想并期待他们自尽，已让第一卫戍医院的护士兵准备好消毒药水和脱脂棉，还准备了30多口棺材，但叛乱军官拒绝自尽，想要通过公审来“揭露军阀的阴谋”。
&政变的处理
陆军首脑部吸取相泽案件公审的教训，对政变主谋实施军法审判，审判过程不公开，不设辩护律师，一审即终判。由于二二六事件直接威胁到了天皇的统治权，因此对叛乱军官的处置也异乎寻常的严厉。7月5日，军法会议判处在政变中起领导作用的矶部、香田等17名军官死刑。有意思的是，宣判里一点没有提到谋杀罪，判刑的唯一根据是，这些军官犯了未经天皇批准而擅自动用皇军之罪。在幕后支持暴动的北一辉和西田税，以及砍杀永田的相泽三郎也被处死。其余的士官和士兵则被免予处分，因为他们只不过是遵从上级的命令。这次对政变军人惩处的严厉程度，远远超过了此前历次的处理，明显的带有彻底根除皇道派及北一辉影响的意图。在军部上层，在寺内寿一主持下，统制派也趁机进行了大规模人事“整肃”。荒木、真崎和川岛陆相被解除现役，所有倾向于皇道派思想的军官均被从陆军核心部门清除出去。至此，统制派彻底掌握了陆军实权，确立了对陆军的绝对控制，以此为标志,从此,日本走上了军国主义道路。