大蛇丸道，“那我就直说了。根早就打算把你和野乃宇一起杀掉。”兜吃惊，“什么意思？”大蛇丸道，“作为间谍，你们过于优秀了。简单来说，就是你们知道的太多了！”兜恼怒，“怎么会？我为了村子不顾安危，花了那么久搜集情报，事到如今却……”大蛇丸道，“情报有时比强力忍术和武器拥有更强的杀伤力，现在你是他们眼中的危险人物。其实从一开始你们这些间谍就注定了这样的结局，就连你们的同归于尽也早就写入了剧本之中。”
在兜离开孤儿院之后，团藏立刻将兜离开的真正理由告诉了野乃宇。为了得到给孤儿院的援助金，兜成了牺牲品进入了根。野乃宇求团藏还兜以自由，卑鄙的团藏趁机提出了交换条件。在事件发生的数年前，团藏命令野乃宇暗杀某个男人，奇怪的是那个暗杀目标就是兜。
兜惊讶，“那是为了还我自由才提出的交换条件啊！究竟是怎么回事？为什么院长没有发现要杀的人是我？”大蛇丸道，“我说过，根从一开始的目的就是让你们母子同归于尽，所以他们做了些手脚。”大蛇丸将一组照片扔在地上，“为了不让你们相遇，你们的潜入地点被安排的相隔很远，院长只能通过成长照片得知你的安否以及你的成长过程。但她不知道的是，照片在这过程中慢慢地改头换面，巧妙地变成了别人的。为此，根用了很长时间，把其他人替换成你。利用漫长的时间来洗脑，这是根常用的手段之一。”
兜看到那组照片最后一张，已经变成另外一个陌生人。大蛇丸道，“这就是另一个兜！所以野乃宇袭击你时，做梦都没想到你才是真正的兜，所以她才会毫不犹豫地想杀死你。在她眼里，你只是个背叛了村子的双重间谍。”兜明白了，“你是被根派来铲除幸存那一方的人，是这样没错吧？”大蛇丸道，“明明对自己完全不了解，这时候倒很聪明，了解的很详细嘛！”兜突然发动了偷袭，纵身攻击了大蛇丸，查克拉手术刀割开了大蛇丸的身体。
兜怒吼，“我一直想知道自己是什么，想给自己一个身份证明。我本以为好容易得到了它，却因为你们根……害我又失去了自我！我又搞不清楚自己到底是谁了。”兜肆虐大蛇丸的尸体，“眼镜本该是我和院长之间的羁绊，名字本该只属于我。无论发生什么都不会忘记我容颜的亲人，明明应该是院长。可现在全变了！全都出问题了，那我究竟是什么人？”兜捅了大蛇丸无数刀，鲜血流洒一地，这才逐渐平复下来。可是出乎兜的意料，大蛇丸从旧身体里蜕皮而出，又钻出一个新的大蛇丸。
大蛇丸道，“你不过是缺少足以解释自己的材料而已。你还没有搜集到足够多的能证明自己的情报。眼镜、名字、年幼时的自己都不能证明真正的你，这有什么不好？如果不能认同原来的东西，那就寻找替代品，一点点弥补自己不就行了吗？”兜道，“既然你想杀我，为什么又告诉我这些？”
大蛇丸飘落在地，“那是因为我也想知道自己究竟是谁，所以正在搜集各种东西。我会用一点一滴搜集来的东西反复验证，将知识和能力积攒在自己体内。然后重生成崭新的完美的自己，脱胎换骨。接着再以同样的方式得到新的东西。这次轮到你了！想要明白自己是谁的问题，只要搜集到世界上所有的物体和情报，不可能推导不出结果。”兜感到震惊，“为什么我对你而言也成了其中之一？”大蛇丸道，“因为我比任何人都重视你的才能，杀了太可惜了。况且这里是我为你准备的医疗实验设施。”
兜疑惑，“你到底想干什么？”大蛇丸道，“创造一个与抹杀自我的根截然不同的能够找到自我的组织，或者村子，不属于任何国家的音隐村。从现在起，你我二人就脱离根和木叶，并且从此时此刻起，我是你的上司、家人和兄弟。我会保护你不受团藏的伤害。从今天起，你的新简历是这样的……你年幼时在桔梗城之战中，被医疗部队队长收留并养大。回到团藏身边以后，你的对外身份是当上医疗部队队长的药师野乃宇之子。从今天起，你将以药师兜的身份获得新生。我是大蛇丸，如果想知道自己是什么人，就到我身边来吧！”
就这样药师兜投靠了大蛇丸，两人狼狈为奸沆瀣一气。这天，大蛇丸道，“我想调查一个组织。”兜道，“交给我吧！是什么组织？”大蛇丸道，“晓！”
后来蝎前来找兜索要大蛇丸的人体实验数据，包括秽土转生的情报。兜假装被蝎操控，答应下来，“知道了，蝎大人。”蝎得意，“你很有用啊！抹消声音气味，甚至自我。简直就像我的傀儡一样！”蝎离去了，兜露出阴森的笑容。
之后，大蛇丸和兜一起研究了重吾和君麻吕的身体情况，成功地开发出了地之咒印以及普通咒印，并进一步完善了天之咒印。后来，兜相继得到了水月、香燐的身体资料。他唯一没得到的就是宇智波佐助的资料，而在这之后，佐助