应该说，不管是南朝皇族，还是北朝皇族，都是很讨厌大庄园主们的。试想，有一群人，他们个个都能轻松的拉出一支上千人（甚至更多）的武装，哪个皇帝不讨厌他们。
我们在这里重点介绍东晋和刘宋，因为东晋对士族管理最松，而刘宋最狠。
即使是东晋，仓皇南逃，皇族没有力量，是靠这些大族武装打下天下。但是，在东晋刚刚安定没几年，皇帝司马睿就开始急不可耐的限制士族权力。
可笑的是，士族的全面特权，正是司马睿在三年前登基时公布的。司马睿登基时，为了让士族们支持他，所有士族有官位的官升sān_jí，大小士族包括寒士，一律免除“劳役”（以前名义上不免，需要出钱免役）。所涉及的人员超过二十万。
朝廷限制士族权力，无所谓就是两方面。第一，命令士族放出一些部曲、食客。第二，就是给自耕农一些贷款扶植，时不时的再免除一点贷款。另外就是，打击士族在社会上半抢半买土地，强迫农民依附的**行为。
士族大怒，王敦在武昌宣布“清君侧”。从武汉到南京，一路上都是士族分子把守强关，竟没有一人闭关阻挡的。王敦一路上兵不血刃开到南京西郊。大家不要以为王马共天下，王敦的实力就超强了。因为当时王敦还没有拿到扬州的兵权，实力并不比南京城里的司马睿强。可是火烧眉毛时，司马睿派出三路大军，全部由大士族统领。
实力最强的一路竟然是王导，去哪里赢！另两位是周?和戴渊，他们是原南方士族。南方士族可和北方来的士族有矛盾，本该好好打吧，竟然也不给皇帝出力，一上来就败了。王导巴不得二军败绩，也不援助，直接给皇帝上表，说自己这一路也败了。
王敦心中清楚怎么回事，所以对王导说：“周?、戴渊应该封为三公，这是肯定的了。”
王导没支声，王敦又说：“那怎么也得当个副宰相吧（尚书仆射）。”王导还是不语。王敦就说知道了，把周?、戴渊召来杀了。可见，原南方士族和北来的的士族矛盾很大。但是皇帝动了士族阶层的奶酪，没几个人全力助他。
其实，在王敦出江州时，他身边强者林立，但都不去偷袭他后路。可是几年后，王敦临死时想过把皇帝瘾，以王导、王氏家族为首的大小士族都反对他。王氏家族的官员和他兵戎相见，王敦败亡。可见，王敦清君侧的成功不是军事成功，而是政治成功。东晋一朝的皇权衰弱，不足以动摇士族统治基础。
东晋皇族再一次和士族作对，是在司马道子执政时期。趁着桓氏和谢氏大人物的去世，道子和他儿子加强中央集权。可是管着地方方镇的大士族，马上开始攻击他们，多次抨击他们。虽然再没有哪个士族能有和皇家共天下的实力，但是墙倒众人推，他们两人最后被士族灭掉。
到了南朝宋齐梁陈，皇家不再和士族共天下，往往以亲王督荆州、扬州。刘宋对士族最狠，一有机会就把大士族杀掉。可是，士族统治是社会文明发展到一定阶段的必然产物，在它们自身没有衰落之前，别人很难动摇其根本。有时刘宋甚至小批量的杀士族，可是他们留下的官位，还要由大批的人顶上。在社会制度不变之下，这些人也发展成大士族。这里面最著名的是兰陵萧氏，他们本来是寒士中的寒士，后来跟着刘裕造反，成为了大士族。
刘宋往往提拔中等士族，也就是寒士。可是这些人也会发展成大士族。例如史记记载刘宋的颜师伯，“颜师伯居权日久，天下辐辏朝拜、纳贿者门庭若市，家产积聚丰厚，妓妾声乐，尽天下之选，园池宅第，冠绝当时，骄奢淫恣，不可一世。”
这里有人会说，你说的不对，士人有士级，所谓“士庶天隔”。相对而言，庶士（寒士也是士）当了高官，也不能入士级。这一点上大家还不能太认真，皇帝都可以换，他个小小的士族有什么不能换的。就是在如此严格的审批之下，也会有很多人插队。一般士族就来自跟上一届皇帝搞篡位活动，还有军功，这都是以前士族的插队来源。到了南朝，还出现改祖籍，以欺骗手段冒充士族的。在南朝，几十年皇帝都换一拨，士族有什么不能换的。
从东晋到南陈，刘宋对士族最狠。大州刺史往往选亲王来做。可是亲王督军事，又回到了西晋末期八王之乱的局面。王公凋零，士族又占了便宜。
同样，士族对刘宋也不手软。在刘裕死后不到两年，三位顾命大臣就把小皇帝废了，没几天又把小皇帝杀掉。这是士族希望政府回到东晋门阀时代的一次努力。
原因有二。第一，废立皇帝，皇帝必须有大错，没有也得栽赃。欲加之罪，何患无辞。可是小皇帝还真就没什么可被废的理由。没杀过士族，没办过坏事，只是贪玩，就这也可能是栽赃。十七八的小皇帝，一登基就能干好，还要他们顾命大臣干什么。
我们在看看第三个废帝是什么样的：刘昱左右从人常携带钳凿斧锯，每每施行击脑、椎阴、剖心的刑罚以为乐趣，每日都杀死数十犯人。如果跟随他的从人中在施刑时面有不忍之色，刘昱就让那人立正站直，亲自用长矛刺穿杀掉。
不久，听说大臣孙勃家里金银财宝非常多，刘昱就亲率人马去劫掠，扮作强盗。而且挺刀冲锋在前，“身先士卒”，第一个冲入。孙勃当时正居丧在家，眼看皇帝